歷史上淮安生物工程高等職業學校的前身是江北農林學校，創建於宣彤元年(1908)。當時的校址位於清江浦八面佛土圍以北，廢棄的黃河大堤以南，即現在的淮安體育館和淮陰師範學院所在地及其附近。
1913“江北農林學校”更名為“江蘇省第三農業學校”，陳任校長，1922年秋，孫接任校長；1927年，唐昌智任校長，學校奉命更名為“第四中山大學區淮陰農業學校”；1928年3月更名為“江蘇大學區淮陰農業學校”，同年5月更名為“中央大學區淮陰農業學校”；1929 10學校命名為“江蘇省淮陰農業學校”；1938，學校因戰亂停辦；1951年秋，經蘇北人民行政公署批準，重建“蘇北淮陰農業技術學校”，王任校長，文金門任副校長；淮陰農學院正式成立於5月，1958。同年秋，學校遷至現楚州區湖心四路(原淮安運河公社胡鑫公園)。1962年6月，江蘇省人民政府決定關閉大躍進中淮陰創辦的所有專科學校和其他中等學校，保留淮陰農業學校。文革開始於1966，學校停止招生。1970春季，400名學生報名參加為期壹年的“社區來往”項目；1975淮陰農校更名為“淮陰地區第五、第七農業大學”；1978設立“江蘇農學院淮陰特長生班”，招收261大學生；1979恢復“江蘇省淮陰農業學校”，招收中專學生。1983—1990農業職業中學連續招生教師；2000年開始招收五年制大專班；2003年6月，165438+10月更名為“淮安生物工程高等職業學校”。