功能不同:重慶兩路寸灘保稅港區具有港口、物流、加工等功能。重慶西永綜合保稅區位於重慶西部新城區，不具備港口物流和國際中轉運營條件。
定位不同:重慶兩路寸灘保稅港區和西永綜合保稅區將“錯位發展、優勢互補、共同發展”。重慶兩路寸灘保稅港區依托長江水港和空港優勢，以港口物流和中轉貿易為主，輻射重慶及周邊省市。