根據上述職責，市民委(市宗教局)設10個內設機構。
(壹)辦公室(外事辦公室)。
負責機關政務工作；負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、信訪、議案、建議、提案、保密、政府信息公開等工作；負責重要事項的組織和督查工作；負責對外和對港澳臺交流與合作；承擔聯系市民委兼職委員的具體工作；負責有關史誌編纂工作。
(二)政策法規處。
負責本市民族、宗教政策理論研究；起草民族、宗教方面的地方性法規草案、政府規章草案；擬訂民族、宗教工作中長期規劃；負責機關推進依法行政綜合工作；負責行政執法工作的監督、指導和協調；承擔行政復議、應訴的有關工作；承擔機關行政規範性文件的合法性審核和有關備案工作。
(三)宣傳處。
承擔本市民族、宗教法律法規和政策的宣傳工作；指導推動民族團結宣傳教育；負責組織機關及所屬單位理論學習與研究；擬訂扶持少數民族特色文化創意產業專項規劃，協助有關部門推動少數民族文化在文化創意產業中的保護和發展。
(四)民族壹處。
貫徹執行黨和國家的民族政策；承擔民族團結進步創建和組織實施表彰工作，協調民族關系；協調推動本市少數民族文化、體育、衛生、教育等社會事業的發展；參與擬訂和實施少數民族幹部培養、選拔規劃；參與擬訂和實施民族教育規劃、政策措施；聯系民族界人士和少數民族群眾；承辦有關民族關系問題的來信來訪和突發事件；承擔調查研究工作並提出意見建議；承擔民族外事工作；指導區縣民族事務部門依法管理少數民族社會事務。
(五)民族二處。
配合有關部門協調推動本市民族鄉村經濟和清真食品、民族特需商品定點生產企業發展；對民族鄉村、清真食品行業經濟發展狀況進行統計分析和綜合評價監測；承擔調查研究工作並提出意見建議；承擔少數民族經濟發展資金的使用及管理；指導區縣民族事務部門依法管理少數民族經濟事務。
(六)宗教壹處。
依法承擔本市天主教、基督教事務管理工作；聯系天主教、基督教界人士和信教群眾；承擔調查研究工作並提出意見建議；依法審批天主教、基督教活動場所的設立、終止、合並、遷移、變更等；指導天主教、基督教團體依法依章開展工作；承擔設立宗教院校的相關事務和具體指導工作；承擔天主教、基督教外事工作；承辦五大宗教以外其他宗教的宗教事務管理工作；指導區縣宗教事務部門依法管理天主教、基督教事務。
(七)宗教二處。
依法承擔本市佛教、道教事務管理工作；聯系佛教、道教界人士和信教群眾；承擔調查研究工作並提出意見建議；依法審批佛教、道教活動場所的設立、終止、合並、遷移、變更等；指導佛教、道教團體依法依章開展工作；承擔設立宗教院校的相關事務和具體指導工作；承擔佛教、道教外事工作；負責宗教房產落實政策工作；承辦民間信仰有關事務的管理工作；指導區縣宗教事務部門依法管理佛教、道教事務。
(八)宗教三處。
依法承擔本市伊斯蘭教事務管理工作；聯系伊斯蘭教界人士和信教群眾；承擔調查研究工作並提出意見建議；依法審批伊斯蘭教活動場所的設立、終止、合並、遷移、變更等；指導伊斯蘭教團體依法依章開展工作；承擔設立宗教院校的相關事務和具體指導工作；承擔伊斯蘭教外事工作；管理本市伊斯蘭教朝覲事務；指導區縣宗教事務部門依法管理伊斯蘭教事務。
(九)行財處。
負責編報部門經費預決算；負責機關及所屬單位財務、資產管理等工作；負責機關及所屬單位安全保衛工作。
(十)人事處。
負責機關及所屬單位人事、機構編制、教育培訓和隊伍建設工作；負責機關離退休人員的管理與服務工作。
機關黨委 負責機關及所屬單位的黨群工作。
工會 負責機關及所屬單位的工會工作。
紀檢、監察機構按有關規定派駐。