根據上述職責,省水利廳設14個內設機構。
(壹)辦公室。負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作;承擔信息、宣傳、保密、保衛、信訪、政務公開、新聞發布工作;承擔機關財務管理工作。
(二)規劃計劃處。擬訂全省水利發展戰略規劃,組織編制水利綜合規劃、專業規劃和專項規劃;負責組織大中型水利建設項目建議書、可行性研究報告和初步設計的編制、審查申報工作;組織擬訂全省中長期水供求計劃;承擔水工程建設項目合規性審查工作;負責省管及地方項目設計的審批;負責全省水利綜合統計和分析工作。
(三)水政水資源處(河南省節約用水辦公室)。擬訂全省水利法制建設規劃和起草有關規章制度並監督實施;負責全省水政監察、水行政執法和涉水違法事件的查處工作;承擔水事糾紛協調工作;指導普法教育工作;承辦機關行政訴訟、行政復議和行政賠償工作;組織實施水資源取水許可、水資源有償使用、水資源論證等制度;組織水資源調查、評價和監測工作;指導水量分配、水功能區劃和水資源調度工作並監督實施;組織編制水資源保護規劃;指導飲用水水源保護、城市供水的水源規劃、城市防洪、城市汙水處理回用等非傳統水資源開發工作;核定水域納汙能力,審查入河排汙口的設置,提出限制排汙總量的意見;指導計劃用水和節約用水工作;組織編發河南省水資源公報。
(四)財務處。負責部門預決算的編制和執行;指導機關和直屬單位的財務管理工作;指導全省水利資金監管和水利價格、收費工作;負責直屬單位國有資產監管和會計事務管理工作;提出有關水利稅收、信貸、財務、價格和收費等方面的政策建議。
(五)人事勞動處。負責機關和直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資、教育培訓工作;指導水利行業職工隊伍建設。
(六)科技教育處。組織開展對外經濟、技術合作與交流;組織重大水利科學研究、技術引進和技術推廣工作;指導廳屬科研機構、技術推廣機構和學校工作。
(七)建設與管理處(安全監督處)。指導全省水利工程建設、質量和水利建設市場的監督管理;負責水利工程建設項目的開工審批工作;擬訂省水利行業技術標準、規程規範並監督實施;擬訂全省水利工程建設和管理制度;組織省重點水利工程建設和驗收;組織實施農村水電電氣化縣建設,指導農村小水電及小電網建設;負責水利工程建設與運行管理;負責水利設施、水域及其岸線的管理和保護;指導江河湖庫的治理和開發;組織實施河道管理範圍內工程建設方案審查;負責河道采砂管理;指導水域的綜合治理、開發利用以及水利旅遊、水庫養殖和水利行業的供水工作;承擔水利行業安全生產工作;指導水庫、水電站大壩等水工程的安全監管,組織實施水利工程安全監督;指導全省水利公安工作。
(八)水土保持處。承擔全省水土流失綜合防治工作;組織編制水土保持規劃並監督實施;組織水土流失監測、預報並公告;對有關法律、法規的執行情況實施監督;審批開發建設項目水土保持方案並監督實施。
(九)農村水利處。組織協調全省農田水利基本建設,指導農村飲水安全、排水、節水灌溉及雨洪資源利用等工程建設與管理;負責全省水井鑿井管理工作,指導農村水利社會化服務體系建設。
(十)河南省政府移民工作領導小組辦公室。
(十壹)移民綜合處。擬訂全省移民地方性法規、規章草案和政策並監督實施;統籌協調有關部門和地方移民工作;負責移民系統人員業務培訓;承擔移民工作信訪、文秘、統計、檔案、信息交流等日常工作。
(十二)移民規劃計劃處。組織編制全省在建和擬建工程移民規劃、計劃;負責移民安置區社會經濟狀況調查分析;組織編制移民後期生產扶持規劃、計劃;負責移民投資項目工作。
(十三)移民資金管理處。擬訂移民資金使用管理有關規定;編制移民資金預決算;負責移民投資的財務、資金管理;監督移民資金的使用情況;承擔移民資金的內部審計工作。
(十四)移民安置處。擬訂全省移民搬遷安置計劃,組織移民按計劃搬遷;組織實施移民後期生產扶持計劃;組織移民安置及移民工程項目的驗收;負責協調移民安置過程中與有關部門和地方的關系。(十四)機關黨委。負責機關和直屬單位的黨群工作。
(十五)機關黨委。
(十六)離退休幹部工作處。負責機關離退休幹部工作,指導直屬單位的離退休幹部工作。
(十七)省防汛抗旱指揮部辦公室。
(十八)省水政監察總隊。
(十九)省水利工會工作委員會。
(二十)省紀委省監察廳駐水利廳監察專員辦公室。