新辦
首次辦理須本人至戶籍所在地的出入境管理處提交申請，申請材料有：
居民身份證及復印件（用A4紙復印，可復印在同壹張紙上）以及填寫《中國公民出入境證件申請表》，2寸淡底色彩照2張（也可現場拍照，費用自付），同時分別申請赴香港、澳門的簽註。只去香港則申請香港簽註，只去澳門則申請澳門簽註，如果香港、澳門都去，則兩地簽註都要申請。
辦理時限自受理之日起10個工作日（首次或非首次申請）。但均不含郵遞日（壹般在五天左右）以及節假日。
費用《往來港澳通行證》每本80元；壹次往來簽註，每個15元，二次往來簽註，每個30元。
續簽
本人憑身份證及有效的《往來港澳通行證》辦理，也可代辦，代辦人需攜帶身份證。（不同城市對加簽可能有特殊規定，具體咨詢戶籍所在地出入境管理處，少數城市可以郵寄續簽，如江蘇連雲港市）
辦理時限自受理之日起7個工作日。
費用壹次往來簽註每個20元；二次往來簽註每個30元。
特別註意《往來港澳通行證》有效期不足6個月（部分城市是3個月）的或無足夠空白簽註頁的不能辦理，須按首次申請手續辦理新的《往來港澳通行證》，同時申請簽註。
代辦
若是首次申請辦理港澳通行證需要攜帶本人身份證以及照片；若非首次申請，則需帶好本人身份證及前壹次辦理的通行證，如請人代辦還需攜帶代辦人身份證。
擴展資料：
2014年，全國公安機關出入境管理部門自9月15日起全面啟用電子往來港澳通行證，以進壹步便利內地居民往來港澳地區。
子往來港澳通行證啟用後，往來港澳簽註不再采取貼紙的方式，而是直接打印在證件背面。內地和港澳地區口岸查驗部門查驗時不再加蓋驗訖章，簽註使用情況由計算機信息系統記錄管理。
成人電子往來港澳通行證有效期延長為10年，對未滿16周歲的仍簽發5年有效通行證。電子往來港澳通行證及簽註的收費標準不變。電子往來港澳通行證啟用後，仍在有效期內的現行往來港澳通行證（本式）及往來港澳簽註（貼紙式）可以繼續使用。
參考資料：
人民網-公安部:電子往來港澳通行證將全面啟用