夏、商、周年代，深圳是百越部族遠征海洋的壹個駐腳點。居殖在深圳沿海沙丘谷地區域的百姓，是百越部族的分支——"南越部族"。他們以捕魚、航海維生，甚少農墾。
自秦朝，即為廣東地。秦皇統壹中國後，於公元前214年在嶺南設置了南海、桂林、象郡三郡，謫徙秦國人50萬人開發。時屬南海郡（郡治廣州）的深圳，便融入了秦代的中原文化，後為南越國地。大漢帝國、東漢屬於交州（管轄廣東、廣西、越南大部）南海郡。西漢設郡前屬越地、南粵地（南越地）。
到了五代，宋、元以後，深圳在行政方面的隸屬關系都發生過壹些變化。今天我們所看到的南頭城，即明城洪武二十七年（1394年），廣州左衛千戶崔皓在原舊城址上修建的“東莞守禦千戶所城”。明萬歷元年（1573年）從東莞縣又分設新安縣，以該所城為縣城。/據近幾年的考古發現，深圳迄今已有6000年的歷史。據有關地下考古挖掘和地面古代遺址的資料表明，深圳的歷史源遠流長。在大黃沙、大梅沙沙丘遺址發現的陶器、石器顯示，早在五六千年前的新石器時代，就有人類生息在這片美麗富饒的土地上。 創造了深圳光輝燦爛的歷史文化。目前已查明，深圳有文化遺址103處，古墓葬234處，古建築和歷史紀念建築68處，近現代史跡和革命紀念建築97處，舊海關稅 站和界碑等有12處。經過篩選，市政府已分3批公布了36處文物保護單位。其中的大鵬城和“中英街”界碑於1989年被省政府確認為省級文物保護單位。 深圳地處南中國海之濱，椰風海韻，細浪白沙，景色怡人，歷來被視為“華夏南大門、連陲風景線”。自東晉以來，深圳在政治、文化、經濟、交通及海防軍事等方面就有重要的地位。考古材料證明，早在五六千年前的新石器時代，就有人類勞動、生息、繁衍在深圳這塊美麗富饒的土地上。 自秦之後，深圳百越族居民已統屬封建中央集權統制，漢在深圳已有鹽官之設，在南頭、西鄉、沙井、大鵬以及香港李鄭屋村等地，均發現漢代墓葬。從葬禮及出土文物看，當時已融合了先進的中原文化。 東晉南朝250多年間，是深圳鼎盛時期，置東官郡，領寶安、興寧等六縣，管轄範圍包括珠江三角洲及惠陽壹帶，當時的寶安縣轄地大概為今天的東莞市、深圳市和香港地區。 唐代深圳水域成了海路交通要沖。在南頭設屯鎮，駐有嶺南節度兵；宋代設“巡海水師營”，
深圳在宋朝時期是南方海路貿易的重要樞紐，屬於廣州香山縣。盛產食鹽、香料。至元朝，又以出產珍珠著名。
元代隸屬廣州路，明代隸屬廣州府，深圳市的前身又曾名為新安縣。公元1573年，中國明朝政府擴建東莞守禦千戶基地，建立新安縣，並建縣治於南頭，轄地包括今天的深圳市及香港區域。經濟以產鹽、茶葉、香料和稻米為主。
明代是深圳歷史上的中興時期，明洪武二十七年（1394年），築南頭東莞守禦千戶所城和大鵬守禦千戶所城。稍後立南頭寨，形成寵大的軍事機構，為“虎門之外衛，、省會之屏藩”，抵禦倭冠、海盜以及其他外來侵略者。明正德十六年（1521年），南頭軍民在巡海道汪宏的率領下，在南頭海域殲滅了葡萄牙艦隊。 到了清朝嘉慶年間，新安縣居民已達到225979人。人口大增，農業生產和漁、鹽業得到很大的發展。
清代隸屬廣肇羅道廣州府。1842年7月至1898年4月期間，中國清政府與英國相繼簽訂《南京條約》、《北京條約》和《展拓香港界址專條》，港島、九龍和新界割讓、租借給英國。至此，原屬新安縣的3076平方公裏土地中，有1055.61平方公裏脫離其管轄，深圳與香港從此劃境分治。
民國二年（1913年），新安縣復名寶安縣，治所仍設在南頭城。在舊民主主義革命才新民主主義革命階段，深圳人民為民族解放寫下了可歌可泣的篇章。特別是抗日東江遊擊縱隊，活躍在惠東，寶壹帶，狠狠地打擊了日本侵略者，並將困於香港的文化人士護送到解放區，為中國的文化事業作出了重大貢獻。
抗日戰爭時期，南頭淪陷，寶安縣政府臨時遷往東莞縣。1953年，因深圳聯接廣九鐵路，人口聚居較多，工商業興旺，寶安縣治東遷至距南頭10公裏外的深圳墟。
1979年3月，中央和廣東省決定把寶安縣改為深圳市，受廣東省和惠陽地區雙重領導；11月，中***廣東省委決定將深圳市改為地區壹級的省轄市。
1980年8月26日，全國人大常委會批準在深圳設置經濟特區，現在，該天也被世人親切的成為"深圳生日"。
1980年8月26日，第五屆全國人民代表大會常務委員會第十五次會議中通過了由國務院提出的《廣東省經濟特區條例》，批準在深圳設置經濟特區。
1981年3月，深圳市升格為副省級市。
1984年2月24日至26日，鄧小平第壹次視察深圳，為深圳題詞：“深圳的發展和經驗證明，我們建立經濟特區的政策是正確的。”
1988年11月，國務院批準深圳市在國家計劃中實行單列，並賦予其相當於省壹級的經濟管理權限。
1990年12月1日，新中國第二個證券交易所——深圳證券交易所誕生。
1992年鄧小平第二次南巡，視察深圳，並發表了極為重要的談話：計劃經濟不等於社會主義，市場經濟不等於資本主義，特區姓“社”不姓“資”。
1992年2月，全國人大常委會授予深圳市人民代表大會及其常委會、市政府制定地方法律和法規的權力。
2004年，深圳成為全國首個無農村無農民的城市。