壹、辦公室（信訪辦公室）
（壹）主要職責
1、協助局領導對局機關政務、業務等有關工作進行綜合協調，組織機關日常工作。
2、負責局綜合性會議、局務會議和局長辦公會議的組織工作；負責局機關行政會議計劃管理；負責局重要事項的督辦；組織局重要公務接待工作。
3、負責局機關公文處理、政務信息、政務公開、誌典編纂、檔案管理、保密、機要、信訪、社會治安綜合治理和獻血等工作，承擔局印章管理，負責局行政許可壹門式受理工作，指導局系統辦公室工作。
4、組織局宣傳、新聞發布和輿情分析工作，組織開展局政務信息化規劃與建設工作，組織開展局門戶網站及政務內網的建設和管理工作。
5、組織起草局綜合性重要政務文稿，組織開展流域重大水利問題的調研。
6、歸口管理局信息化工作。
7、負責組織局內部規章制度建設，組織開展制度執行情況檢查。
8、承辦局交辦的其他事項。
（二）內設科室
辦公室內設3個科。
二、規劃計劃處
（壹）主要職責
1、組織編制流域或流域內跨省（市）的江河湖泊的流域綜合規劃、防洪規劃、水資源綜合規劃和水中長期規劃等並監督實施；歸口管理流域或流域內有關水利專業、專項規劃的編制和報審工作；根據授權，負責流域內有關規劃的審查、審批。
2、組織開展中央水利項目、流域控制性水利項目、跨省（市）重要水利項目前期工作,歸口管理局直屬基礎設施建設項目前期工作。
3、根據規定和授權，負責中央水利項目的審查、審批；對地方大中型水利項目進行技術審核；負責水工程建設規劃同意書制度的組織實施工作。
4、組織提出流域內中央水利項目、水利前期工作、局直屬基礎設施項目的年度投資計劃並負責投資計劃管理。
5、歸口管理太湖流域水環境綜合治理重點水利工程前期工作，負責太湖流域水環境綜合治理水利工作協調小組辦公室的日常相關工作。
6、指導流域河口、海岸灘塗的治理和開發。
7、組織、指導流域內有關水利規劃和建設項目的後評估工作。
8、負責流域有關水利統計工作。
9、歸口管理局水利援疆工作。
10、承辦局交辦的其他事項。
（二）內設科室
規劃計劃處內設3個科。
三、水政水資源處（水土保持處、農村水利處、水政監察總隊）
（壹）主要職責
1、組織擬訂流域性水利政策法規，組織開展水法規執行情況的監督檢查，負責局規範性文件的合法性審查和備案工作。
2、組織協調局依法行政工作；指導行政許可工作並監督檢查；指導流域內水政監察和水行政執法工作，負責職權範圍內的水政監察和水行政執法工作，承擔重大涉水違法案件查處，承辦局水行政復議、行政訴訟、行政賠償工作。
3、負責省際水事糾紛的調處工作。
4、負責水利法制宣傳教育工作，制定水利普法規劃和年度計劃並組織實施。
5、組織擬訂流域內省際及重點河湖水量分配方案，對流域年度水資源調度計劃提出意見。
6、組織開展流域及重點河湖取水許可總量控制工作，組織實施流域取水許可和水資源論證等制度，組織指導流域計劃用水工作。
7、實施流域水資源的統壹管理和監督，協同組織編制流域水資源有關專業或專項規劃並監督實施；指導、協調流域地表及地下水資源開發利用工作；統籌協調流域生活、生產和生態用水；指導流域內地方節約用水工作和節水型社會建設有關工作，負責流域節水規劃編制並監督實施。
8、組織開展流域水資源及其開發利用調查評價工作，發布流域水資源信息和流域水資源公報；組織、指導流域水資源管理信息系統建設及管理。
9、指導、協調流域內水土流失防治工作；組織有關重點防治區水土流失預防、監督和管理。
10、按規定負責有關水土保持中央投資建設項目的實施，指導並監督流域內國家重點水土保持建設項目的實施。
11、組織編制流域水土保持規劃並監督實施，承擔國家立項審批的大中型生產建設項目水土保持方案的監督檢查；組織開展流域水土流失監測、預報和公告。
12、按規定指導流域內農村水利及農村水能資源開發有關工作，指導水電農村電氣化和小水電代燃料工作；按規定開展流域水能資源調查評價工作。
13、承辦局交辦的其他事項。
（二）內設科室
水政水資源處（水土保持處、水政監察總隊）內設3個科。
四、財務處
（壹）主要職責
1、按照規定或授權負責具有流域控制性的水利工程、跨省（市）水利工程等中央水利工程的國有資產的監督管理。
2、研究提出直管工程和流域內跨省（市）水利工程供水價格及直管工程上網電價核定與調整的建議。
3、承擔局系統中央水利資金的監督管理工作。
4、負責局預算管理工作，組織編報局中央部門預算。
5、承擔局機關並指導局直屬單位財務管理工作。
6、負責局經濟管理工作，指導監督局直屬單位經濟管理、國有資產管理和政府采購管理工作；負責局機關經濟合同的審核、監督和管理工作；負責局對外投資管理工作。
7、承辦局交辦的其他事項。
（二）內設科室
財務處內設3個科。
五、人事處（離退休職工管理處）
（壹）主要職責
1、負責局管幹部的選拔、考核、任免、調動等管理工作；負責局直屬單位領導班子建設；負責後備幹部隊伍建設和幹部監督工作。
2、負責局參照公務員法管理機關工作人員的管理工作；負責局工作人員招錄（聘）工作；負責局績效管理工作。
3、負責局人才隊伍建設工作；組織開展局幹部人事制度改革。
4、負責局機構編制管理工作，歸口管理臨時機構。
5、負責局機關並指導直屬單位工資管理和收入分配制度改革工作。
6、組織擬訂局管幹部及局機關工作人員的培訓計劃並監督實施，指導直屬單位職工教育和職業技能開發工作。
7、負責局機關並指導直屬單位離退休人員管理工作。
8、歸口管理局評優評先、表彰獎勵工作；負責局機關並指導直屬單位社會保險、人事統計、人事檔案、勞動保護、計劃生育和職工休假工作。
9、承辦局交辦的其他事項。
（二）內設科室
人事處內設3個科。
六、建設與管理處
（壹）主要職責
1、指導流域內河流、湖泊的治理和開發。
2、按照規定或授權，負責流域內水利設施、水域及其岸線的管理與保護；負責授權範圍內河道管理範圍內建設項目的建設方案及其防洪評價報告審查許可及監督管理。
3、按照規定或授權，負責或指導流域內重要水利工程建設管理和水利建設市場監督管理；指導流域內重要水利工程的項目法人組建、開工審批、招標投標、質量監督管理和驗收等；負責局直屬工程的開工審批，招標投標、建設監理、質量監督管理和驗收等，會同人事處及相關部門組建項目法人。
4、按照規定或授權，負責流域內水利工程質量監督管理；負責局直管水利工程建設質量監督；組織開展局直管水利工程質量檢查；負責局直管水利工程建設質量事故統計、報告。
5、組織指導流域內重要水利工程的運行管理與確權劃界，負責局直管工程運行和養護的監督管理。
6、負責授權河段河道采砂管理，指導、監督流域內河道采砂管理有關工作。
7、指導和協調流域內所屬水利工程移民管理有關工作。
8、負責局援藏工作領導小組辦公室的日常工作和扶貧工作。
9、承辦局交辦的其他事項。
（二）內設科室
建設與管理處內設2個科。
七、安全監督處
（壹）主要職責
1、指導流域內水利安全生產工作；根據授權，組織、指導流域內水庫、水電站大壩等水工程的安全監管。
2、負責局內安全生產工作及直管水利工程安全監督；組織開展局內安全生產檢查和專項督查；負責水利行業生產安全事故統計、報告，組織或參與重大安全事故的調查處理。
3、根據授權，開展流域內中央投資的水利工程建設項目稽察。
4、負責局安全生產委員會辦公室的日常工作。
5、承辦局交辦的其他事項。
（二）內設科室
安全監督處內設2個科。
八、科技外事處
（壹）主要職責
1、負責局內科學技術管理工作。擬定局水利科技發展規劃，組織制定局重大科技攻關項目計劃並組織實施，組織開展局科學研究、科技創新以及技術合作交流工作。
2、負責局科研項目管理工作。組織局重大科研項目、科技獎項的申報和管理以及成果推廣應用。
3、負責局外事管理工作。審核申報出國任務，承辦局國際合作與技術交流，歸口管理國外智力引進和人員交流工作。
4、負責開展水利質量技術監督工作。組織流域內水利行業技術質量標準規程、規範的貫徹與應用並監督實施。
5、負責局科學技術委員會的日常工作；負責局內技術基礎資料的統籌***享；歸口管理學會、協會等社團工作。
6、承辦局交辦的其他事項。
（二）內設科室
科技外事處內設2個科。
九、防汛抗旱辦公室
（壹）主要職責
1、負責防治流域內水旱災害，組織、協調、監督、指導流域防汛抗旱工作，指導、協調並監督流域防禦臺風工作。
2、負責太湖流域防汛抗旱總指揮部辦公室的具體工作，組織各成員單位開展分析會商、研究部署和開展流域防汛抗旱工作，並向太湖防總提出重要防汛抗旱指揮、調度和決策建議。
3、組織制定或修訂流域防禦洪水方案、洪水調度方案以及旱情緊急情況下的水量調度預案並監督實施。
4、按照規定和授權負責對流域重要的水工程實施防汛抗旱調度和應急水量調度；會同水政水資源處編制流域年度水資源調度計劃；組織實施流域年度水資源調度工作。
5、組織實施流域防洪論證制度；負責洪泛區、蓄滯洪區和防洪保護區的洪水影響評價工作，指導、監督流域內蓄滯洪區的管理和運用補償工作。
6、負責局屬工程防汛歲修及防汛應急項目的審批和管理，指導重大險情的搶護和水毀工程的修復。
7、負責收集掌握流域汛情、旱情和災情，並按規定及時發布相關信息。
8、負責太湖局反恐工作領導小組辦公室的日常工作，按規定組織、協調水利突發公***事件的應急管理工作。
9、負責組織實施國家防汛抗旱指揮系統太湖局實施項目建設以及運行管理。
10、承辦局交辦的其他事項。
（二）內設科室
防汛抗旱辦公室內設3個科。
十、監察處（審計處）
（壹）主要職責
1、檢查局機關各部門及其工作人員、直屬單位及其局管幹部遵守和執行法律、法規和行政決定、命令情況。
2、受理對局機關各部門及其工作人員、直屬單位及其局管幹部違反行政紀律行為的控告、檢舉。
3、調查處理局機關各部門及其工作人員、直屬單位及其局管幹部違反行政紀律的行為。
4、受理局機關各部門及其工作人員、直屬單位及其局管幹部不服主管部門給予行政處分決定的申訴，以及法律、行政法規規定的其他由監察部門受理的申訴。
5、負責局系統廉政建設的組織協調工作，指導直屬單位行政監察工作。
6、組織對機關及直屬單位財務收支、預算執行、經濟管理和效益等審計。
7、組織對機關內設機構及直屬單位領導人員的任期經濟責任審計。
8、組織對機關及直屬單位固定資產投資項目審計。
9、組織對機關及直屬單位內部控制制度的健全性和有效性以及風險管理的評審。
10、負責機關內部審計制度的制定和局系統內部審計工作的指導。
11、承辦局交辦的其他事項。
（二）內設科室
監察處（審計處）內設2個科。
直屬機關黨委
直屬機關黨委主要職責
1、負責局機關和在滬單位的黨群工作。
2、宣傳和執行黨的路線方針政策，宣傳和執行黨中央、上級黨組織和本組織的決議；組織黨員政治理論學習。
3、對黨員進行教育、管理和服務，督促黨員履行義務，保障黨員權利；負責統戰工作。
4、對黨員進行監督，督促黨員嚴格遵守黨的紀律，堅決同腐敗現象作鬥爭。
5、對要求入黨的積極分子進行教育、培養和考察，做好發展黨員工作。
6、協助局黨組管理局機關基層黨組織和群眾組織的幹部。
7、做好思想政治工作和群眾工作，推進精神文明建設。
8、領導機關工會、***青團等群眾組織，支持群眾組織依照各自的章程獨立負責地開展工作。
9、負責直屬機關紀律檢查工作，協助局黨組做好黨風廉政建設工作；受理所屬各級黨組織黨員的檢舉、控告和申訴；檢查、處理所屬黨組織和黨員違反黨紀案件，按幹部管理權限審批黨員違反黨紀的處理決定。
10、承辦上級黨組織交辦的其他事項。
直屬機關黨委內設直屬機關黨委辦公室。
太湖工會（中國農林水利工會太湖委員會）（與直屬機關黨委合署辦公）
1、貫徹落實《中華人民***和國工會法》，負責局系統工會工作，指導所屬基層工會工作。
2、組織和教育職工不斷提高思想道德、技術業務和科學文化素質，努力完成各項工作任務。
3、組織職工參與民主管理和民主監督，正確行使民主權利。
4、維護職工的合法權益，密切聯系群眾，為職工服務。
5、組織開展健康有益的群眾性文化體育活動。
6、協助和督促有關部門做好勞動安全衛生和社會保險等職工福利工作。
7、承辦上級工會交辦的其他事項。
中國農林水利工會太湖委員會內設辦公室。