崇禎十七年(1644)，在政權更叠的大動蕩中堅持留在北京。六月，多爾袞率清軍入京，命城內居民搬出城外安置軍隊。湯若望上書請求保護，獲得了清政府的禮遇。他的教堂、3000冊書籍和為甄珍皇帝修訂的《崇禎歷書》的精裝本都得到了妥善的安置。
清政府上臺後，壹項重要的工作就是編纂新歷法頒布於世，取代前朝的舊歷法。多爾袞命令秦的官員負責新歷法的修訂。當時秦的官員用中國傳統的大歷和歷計算天象出現的時間與實際時間差距很大，影響了新王朝在百姓心目中的威望。多爾袞對此非常不滿，召見湯若望詢問壹些技術問題。通過確定同年八月的日食時間，三種歷法的優劣是顯而易見的，漢、回歷法分別相差兩個和四個季度，而“西方新方法”的計算結果壹點也不差。清政府隨即宣布采用西方新法，將新歷書命名為“李世賢”，不久湯若望接任國家天文臺臺長。會算歷法的人在當時被認為是懂占星術的，受到官員和民眾的崇拜。
從湯若望壹直到清朝，秦田健的官員都是西方傳教士。
湯若望深受清朝統治者的尊敬，他是在中國唯壹受到如此禮遇的傳教士。多爾袞非常尊重他的意見，順治的生母也很感激，因為湯若望治好了她的侄女，順治皇帝未來的皇後。順治皇帝，壹個少年，從太後和朝中大臣口中聽到西方教士的稱贊，自然產生了信任感。而且由於順治皇帝強烈的求知欲，多次將湯若望召入宮中講解天文等自然科學知識，兩人之間建立了超乎尋常的關系。順治皇帝稱湯若望為“瑪法”，即滿語中的祖父。順治八年(1651)壹年之內，湯若望連續三次被提拔，從太仆寺秘書依桐升至太常寺秘書，職級由五級升至正三級。順治十年(1653)，湯若望通渭被賜尊號，相當於國師。順治十五年(1658)，湯若望被授予光祿大夫榮譽稱號，官職升至壹品。不僅如此，順治皇帝還經常用湯若望府進行長時間的談話。這種做法被認為不分尊卑，違背禮教，引起了朝中大臣的不滿。然而，湯若望憑借與順治皇帝的密切關系獲得了崇高的地位和行動自由。早在湯若望擔任欽天監時，就在北京宣武門修建了壹座宏偉的歐式教堂，參觀者絡繹不絕。順治十四年，順治皇帝手書《通賈偉經》，立匾掛在宣武門天主堂。湯若望還將順治皇帝的禦銘刻成石碑，豎立在教堂前。這相當於默認湯若望有權利自由傳教。事實上，湯若望經常利用接近皇帝的機會向他灌輸基督教，順治皇帝也讀過相關書籍。因為湯若望的名聲，在中國的傳教士受到了保護，成千上萬的人加入了教會。
順治十八年(1661)，24歲的皇帝病死。他的繼任者是八歲的康熙皇帝，由他祖母的皇太後照顧。在朝鮮，索尼、蘇克薩哈、齊巴畢隆和鰲拜四大臣共同執政，只有鰲拜是大權在握的人物。隨著順治皇帝的去世，湯若望的地位每況愈下。第壹，順治末年，楊光先，壹個外號略的書生，寫了《采荒謬》和《驅魔論》，送到禮部，分別攻擊西方新法和基督教。在前壹本書裏，楊光憲認為湯若望別有用心地使用西方歷法而不是中國的地方歷法，是蔑視清朝的惡毒行為，而在後壹本書裏，他以中國的傳統倫理為參照，全面駁斥了基督教。因為順治皇帝還健在，禮部官員駁回了楊光憲的彈劾申請。
康熙三年，傳教方撰寫了李雷思《天學傳》，介紹了天主教在中國產生和傳播的歷史，駁斥了楊光憲的指責。本文過分誇大了基督教的神聖性，激化了矛盾。這時，湯若望中風病倒了，費迪南德·南懷仁代他執行公務。楊光憲代表了壹批反西方的傳教士，包括儒教、穆斯林等人，他們積極支持楊光憲，使得這個案子越來越復雜。
康熙三年秋至次年春，朝廷公開審理此案，楊光憲指控湯若望等人犯有陰謀顛覆國家、宣揚邪教、傳播錯誤算術三大罪。經過長時間的審判，和秦等七名官員被判死刑，全國各地的傳教士聚集在北京接受審判，並拆毀了全國各地的教堂。然而，在審判的最後壹刻，北京發生了強烈地震，順治皇帝的母親孝莊皇後直接介入此案。直到那時，湯若望和他的仆人才被釋放，五名中國官員仍被處決。不久，湯若望去世，葬在利瑪竇墓旁。聚集在北京的25名傳教士被驅逐出境。
楊光憲成為秦天監獄的監管人。上任後遇到歷法計算的技術問題，楊光憲恢復了大歷和回鶻歷。當然，結果錯誤百出。康熙年齡稍大，對鰲拜的威權不滿，所以從秦追溯到。康熙八年(1669)春，康熙效仿湯若望的助手南懷仁和楊光憲，受其父順治之命，進行了壹次實地測試，以辨別優劣。幾經考試，楊光憲在回安徽老家的路上被擊敗、革職、病逝。
康熙皇帝恢復了湯若望的爵位，肯定了他的貢獻。費迪南·韋爾比斯特接任秦天監獄的監管人。經過這壹重大轉折，中國天文學重新獲得了發展的機會，秦天監獄的主要官員都是西方傳教士。傳教士在天文學上取得了勝利，但是傳教的阻力越來越大。清政府對傳教活動的控制在康熙中後期以後越來越緊，最終進入全面禁教階段。