忍術的理論基礎來源於孫子兵法，是從中國傳過來的。後來通過在山裏修習道術和埋伏術發展起來的。武術在古代是自然發展的，世界各國都要有這樣壹個過程，日本也不例外。然而，在中國的兵法傳入日本之後，日本的軍事思想發生了根本性的轉變，而武田信玄這位愛用忍者的軍事統帥，也完全被中國的軍事思想所改造。武田信玄是孫子的崇拜者。他高度贊賞孫子首先提出的戰鬥藝術，即“其速如風，其徐如林如火，不動如山”，並在其軍旗上寫下“林峰火山”四個字，故其部隊被稱為“林峰火山”部隊。
因為信玄討厭自己國家的秘密被別人知道，所以喜歡訓練忍者。他愛那些驅使自己修煉的忍者(他稱他們為“流氓家族對忍者的壹種稱呼)。“亂浪”的起源，來自於阿、新、越等地的遊民無業人員，或土匪組織起來，教他們山地戰等格鬥技巧，於是成為忍者。另外，“三”是“相見”、“相見”、“關註”的總稱。這些人是偵察兵和間諜的專家。新玄派福田鄉的左衛門來控制這些忍者。
日本戰國時期，各國諸侯爭霸，企圖統壹日本，取代天皇。武田信玄打贏了很多重大戰役，武田家族也曾經無比強大，當然也樹敵無數。武田信玄的弟弟武田信廉偶然發現了壹個和他哥哥長得壹模壹樣的小偷，於是把他留在身邊，用他做替身——這是日本的壹個傳統，叫做“影子武士”。接下來，武田信玄和德川家康的織田信長打了起來。據說是不幸遇難，實際上是他太放蕩，病死了。但是他的兒子沒能成功，於是武田真理教決定讓“影子武士”上戰場。他從旁協助和支持他，以爭取時間，使武田信玄的兒子能夠獲得執政經驗，並在他成熟時將權力移交給他。“影子武士”從壹個小偷變成了被武田信廉的義舉所感動，盡心盡力。
平安時期，由於武士階層的興起，山中埋伏的藝術由武士發展而來。元平時代，學會了山中埋伏的元義經，成功運用了山中埋伏的技巧，完成了進攻戰術的理論。在南北朝時期，楠木正成發展了防禦術，同時忍術和武術被分離成不同的體系。
忍術學校
戰國時期，忍術開始有了很大的發展，因為這個時代急需忍術，武術，兵法。但不同於兵法和武術，忍術有其獨特性。發達地區有幾所忍術學校，即以下列地名作為學校名稱:
武藏、賈妃、嶽後、農心等。
伊賀、加賀、吉壹等。
其中後三個州的忍術是日本最發達的。
忍術書籍
伊賀和加賀都離北京很近，地形屬於被山和障礙物包圍的封閉小盆地。雖然貧瘠，但靠近日本的中心地區，戰略地位十分重要。深受京都文化的影響，這兩個地方有很多神社、寺院、莊園。後來莊園制崩潰，土豪紛紛崛起。戰國時期，這片小土地上居住著六十個土豪。因為地盤很小，要想壯大自己，就要和別人競爭。於是每個家庭開始訓練30到40個死人來對付“敵國”。這裏的競爭之激烈超出了外人的想象。土豪們互相結成虛假的聯盟，暗中互相刺探，壹旦抓住機會，就給對手無情的打擊。這兩座充滿殘忍與狡詐的血腥大山，逐漸演變成忍術發展的大本營。伊賀和加賀對忍者事業的最大貢獻是將忍者的理論基礎和技巧系統化，編撰了壹本忍者修煉的書籍——《萬吉川海》。雖然流派不同，但忍者們練習的經典是《萬吉川海》這本書，其內容是教授忍者們如何表演忍術的所有理論基礎和技巧指導。
延保四年(1676)，德川家族第四代大將，嘉禾隱士藤森保五，結合日本等國名家的思想和武術精髓，參考本國作品和他國作品的內容，撰寫了壹本集忍耐力、忍耐力、忍耐力於壹體的忍者極限練習指南。並把這本書命名為《萬吉川海》。顧名思義，“萬吉川海”就是取各家之精華。
《萬吉川海》由六部分組成:正心、識見、陰忍、陽忍、氣象、忍。這本書後來成為忍者練習的必讀教材。劉濤和《孫子兵法》是對萬吉川海和忍術整體發展影響深遠的兩部古代著作。也可以看出，中國的這些古代軍事武術思想為日後日本忍術的發展壯大奠定了堅實的理論基礎，是忍術真正最早起源於中國的證明。可以說，《萬吉川海》是日本人學習中國古代軍事精髓和修煉玄學的總結。
忍術理論
早期的忍者很多來自貧苦的農民，而不是地位很高的戰士。因為任務的需要，他們壹般不會使用正規的武功對敵，而是使用忍術，忍術強調為了達到目的不擇手段。所謂忍術，其理論基礎主要由中國傳入日本的《孫子兵法》和“林峰火山”四字箴言組成。然後再結合在山中修練道和伏擊技巧，發展成為壹個徹頭徹尾的忍者。至於這些山區的伏擊技巧，主要來自於居住在大和、吉野、鞍馬、根來、伊賀等地的土著的山地戰經驗；忍術中使用的咒語起源於京都附近的佛教密宗學校本山。忍術中的武術大多來自柳生劉健派、寶庫劉強等。平安時期，由於武士階層的興起，山中埋伏的兵法被武士發展起來；在元平時代，學會了山中埋伏的袁易經成功運用了這壹技能，完成了攻面論。在南北朝時期，楠木正成在防守方面發展了兵法。從此，忍術和武術正式分離成不同的體系。到了戰國時期，忍術有了很大的進步。因為在這個混亂的時代，各地崛起的名將非常需要忍術，武術和兵法都用在了自己的戰爭中。俗話說，世上有好人，也有應該如雲的人。同時，由於外來者引進的技術和其他工匠數量的增加，忍者可以憑借民間街頭藝人的許多技能從事間諜活動，因此忍者行業蓬勃發展。
忍術武術
忍術的武學來自柳生劉健派和寶庫劉強。但是忍者們對這些武學進行了很大的改進，使之成為短刀和長矛的使用，從而適合在狹窄的地方戰鬥。
傳奇與現實
忍者既是武士，也是刺客，受過日本忍術(即秘密行動的技術)的訓練。“忍者”壹詞可以追溯到江戶時代。忍者就像日本的武士道和武士壹樣，遵循壹套他們引以為豪的特殊規範(忍術)。與許多人的想法相反，許多忍者專門從事間諜活動，而不是暗殺。
大量神話傳說都是關於忍者的。他們出現在日本戰國時期，經常為大名或封建貴族執行秘密任務。直到德川幕府將其納入官方編制，才進入最繁榮的時代。
忍術常分為各種形式，如陰忍、陽忍等。:“陰忍”強調潛入敵方內部刺探或破壞活動，“陽忍”強調在公共場合以智取勝。