在我國古代，雲夢澤壹直是滯蓄長江洪水的天然場所。雲夢澤消亡後，洞庭湖替代雲夢澤成為又壹個滯蓄長江洪水的天然場所。因此，當時長江中下遊“洪水過程不明顯，江患甚少”。但隨著泥沙的不斷淤積，洞庭湖的水面面積和容積日漸萎縮，使其滯蓄長江洪水的能力大大削弱。這就逼使大量洪水直接從荊江河槽下泄。然而，時至今日，荊江河段的安全下泄流量（包括分流入洞庭湖的流量）只有每秒6萬～6．8萬立方米。因此，每到汛期，荊江河段的洪水水位常高出兩岸地面6～10米而形成“懸河”，時時威脅著洞庭湖區和江漢平原1500萬人民生命財產和2300萬畝耕地的安全。
興建壹個能夠調蓄長江洪水的水庫，使其能像雲夢澤和洞庭湖壹樣來滯蓄和調蓄長江洪水，使長江中下遊免受洪水災害就十分必要。在荊江河段上遊，通過大量的勘探、測量與科研，尋找了幾十年，論證了幾十年，終於找到了理想的壩址，這就是三峽水利樞紐工程。因此可以說，興建三峽工程是歷史的必然，防洪是興建三峽工程的首要出發點。
“最後壹盆清水”
同樣困擾這兩個湖泊的，還有汙染問題。
隨著經濟的迅猛發展，洞庭湖早已清水不再。2006年，根據國家環保總局的統計，其整體水質僅為五類（水質***分為六個級別，最差的為劣五類，其次就是五類；劣五類、五類以及四類水都不適合作為飲用水——編者註）。
或許是痛定思痛，從當年年底開始，湖南省在半年之內關停了環洞庭湖234家汙染嚴重的小造紙企業。就在不久前舉行的2008年全國環保廳局長會議上，國家環保總局局長周生賢表示，在采取了各種措施後，洞庭湖的局部水質已由劣五類和五類好轉為三類。
不過，洞庭湖距離真正走出汙染陰雲仍十分遙遠。湖南省水利廳原副總工程師、洞庭湖水利工程管理局原局長聶芳容在接受《財經》記者采訪時就表示，在整個湖區，過量使用化肥和農藥，對水體和土壤都造成較嚴重的汙染。尤其是隨著枯水期水位的嚴重下降，水質往往很難得到保證。
中國環境監測總站的統計顯示，到2007年11月，洞庭湖整體水質仍然為四類。2008年1月11日，湖南省環境監測中心發布的數據也顯示，洞庭湖出口斷面氨氮超標，屬於四類水質。
在中國的四大淡水湖泊中，鄱陽湖曾被認為是惟壹沒有出現富營養化的湖泊，有著中國“最後壹盆清水”之譽。《財經》記者在鄱陽湖邊走訪時，壹些居民也頗為自豪地說，湖水還沒有怎麽受到汙染。
不過，這壹切也已在悄然改變。
江西省水資源公報的數據表明，2001年，鄱陽湖全年沒有汙染水，水質優於三類的占八成，屬於三類的占兩成；此時的鄱陽湖的確可以被稱為“壹盆清水”。但到了2006年，鄱陽湖水全年優於三類的不到六成，屬於三類的有兩成多，劣於三類的則逼近兩成。按照水利部的統計，到了2006年，鄱陽湖已經從整體上呈現出中度營養化的狀態。
面對鄱陽湖水質迅速下滑的勢頭，自2007年10月18日起，江西省水利廳開始發布每月壹期的《鄱陽湖水質水量動態監測通報》。通報顯示，鄱陽湖水質在2007年仍在進壹步惡化。
當年9月，鄱陽湖水位與往年基本持平、湖區水面面積為3005平方公裏時，湖區的十處評價斷面沒有發現壹二類水；三類水占六成；四類水占四成。當年12月，隨著鄱陽湖水位創歷史新低，湖體自凈能力顯著下降，註入長江的出湖水質已淪為屬於重度汙染的五類水。
除了沿湖的廢水排放，江西境內贛江、饒河等五條主要河流兩岸的各種廢水也最終匯入鄱陽湖，其整個治理任務註定將十分艱巨。江西省水文局水質科科長、江西省水環境監測中心總技術負責人邢久生告訴《財經》記者，省內很多工業園區都未真正實現達標排放，多個城市的汙水處理廠建設剛剛起步，加上鄱陽湖又早早進入枯水期，“水質怎麽會好？”
隨著廣東、浙江等發達省份不斷擡高環保門檻，不少重汙染企業紛紛向經濟相對落後的江西轉移，鄱陽湖面臨的威脅還有進壹步惡化的可能性。
以江西省革命老區吉安為例。2001年以來，當地先後引進浙江富陽的多家造紙企業，產生的廢水直接排入贛江，並釀成水汙染事故，2006年曾受到國家環保總局和國家工商總局的聯合督察。
三峽工程影響
在廣闊的長江中下遊地區，湖泊眾多、星羅棋布；但到目前為止，只有洞庭湖和鄱陽湖等少量湖泊仍與長江直接相通。壹般而言，洞庭湖對於長江是有出有進，鄱陽湖則是以出為主。
在湖南省，滾滾而下的長江經過四個入口——松滋河、虎渡河、藕池河和華容河流入洞庭湖；下遊的城陵磯，則是湖水註入長江的惟壹出口。在江西省，鄱陽湖則承接著省內五大河流的來水，然後在九江市湖口縣註入長江。
從時間上看，洞庭湖和鄱陽湖枯水期缺水問題，自2003年以來有明顯加劇的趨勢。恰在2003年6月，三峽水利樞紐工程實現二期蓄水，壩前水位從90米提升至135米。
長江水利委員會壹再表示，這些湖泊的貧水狀況，主要是因為天氣原因造成上遊來水減少，與三峽工程並無關系。但種種跡象顯示，三峽工程所導致的（長）江湖（泊）關系之變，其影響或許仍不可忽視。
湖南省地質研究所教授級高級工程師童潛明告訴《財經》記者，三峽水庫運行後，汛期前增加的下瀉流量將擡升洞庭湖枯水期水位，這是洞庭湖研究者原有的***識。但2003年6月，三峽水庫二期蓄水以來的觀測資料顯示，枯水期洞庭湖的水位和地下水位實際都降低了，“這與原來對洞庭湖環境的認識，形成了巨大的反差。”
之所以出現這種意料之外的局面，他解釋說，三峽水庫每年10月蓄水後，長江水量將出現嚴重“虧損”，這直接導致枯水期城陵磯的水位比水庫運行前還要低，進而引發洞庭湖水急速流入長江並出現水量“虧損”。在次年汛期前，下瀉流量會有所增加。但由於長江入洞庭湖的四個河口都出現長時間的斷流，因此，增加的下瀉流量尚不足以進入洞庭湖。
江西省水文局局長譚國良在接受《財經》記者采訪時也表示，與洞庭湖類似，三峽水庫蓄水對於鄱陽湖水量下降也有著明顯影響。
觀測表明，2007年9月25日零時，三峽開始汛末蓄水。在數天內，鄱陽湖自湖口入長江的流量驟增，達到每秒6000多立方米。而同期，幾條主要河流的入湖流量只有每秒1000多立方米。在這種情況下，到了10月31日，湖口水文站的水位就從月初的15米多下降至不足10米。
當然，除了三峽，兩湖流域密集的水庫也在枯水期截流了上遊河流的來水。在江西省，大中型水庫的數量已經超過250座。而據童潛明介紹，僅在洞庭湖重要來水通道的湘資沅澧四水中上遊，就***有223座大中型水庫，此外還有幾座水庫正在加緊修建中。
缺水還不是三峽工程給這兩個湖泊帶來的全部挑戰。江西省水利規劃設計院退休的教授級高工熊大認為，三峽工程運行初期的30年內，湖口河段會產生淤積，對鄱陽湖湖區的防洪“可能產生災難性的後果”。
在洞庭湖水利工程管理局副局長段煉中看來，三峽工程對於洞庭湖防洪的影響利大於弊——在洪水年份可使城陵磯地區水位降低，從而大大減輕荊江河段對洞庭湖區的洪澇威脅。
但在童潛明看來，三峽水庫運行後對洞庭湖防洪的影響，只能說是有利更有弊。
因為洞庭湖本身的泥沙淤積，在三峽運行之後有望大為緩解，洞庭湖的容量也將增加；但與此同時，本應在洞庭湖淤積的泥沙，在被沖刷到城陵磯至漢口河段之後，會造成洞庭湖的惟壹出口嚴重淤堵，不利於洞庭湖汛期的洪水下泄。
不過，江西師範大學鄱陽湖生態環境與資源研究實驗室副主任劉影教授指出，由於目前還缺乏深入的系統研究和確切的數據，因此，三峽工程對於兩大湖泊的枯水期水位和防洪格局究竟有何影響，仍有爭議。
值得慶幸的是，這壹可能的影響已引起有關部門關註。2007年9月，水利部長江水利委員會主任蔡其華在中國科協年會水利專題論壇上指出，三峽工程具有巨大的防洪和發電等效益的同時，“投運後對水沙的巨大調節作用，將使長江中下遊的水文情勢、河道演變和江湖關系及河道泄洪能力等發生變化，從而對壩下遊區的水環境與水生態產生影響，並直接或間接地影響到洞庭湖、鄱陽湖、長江口等重要濕地的生態功能。”
2007年12月25日，由江西省水利科學研究院牽頭承擔的《三峽工程運用後對鄱陽湖及江西“五河”的影響研究》項目也得以啟動。作為江西省水利史上最大的科研項目，國家財政將下撥專項經費447萬元，江西省水利廳也將給予配套經費支持。
三峽工程不會對生態環境構成大的影響，也絕不會造成泥沙淤積。
在生態方面，三峽工程建成後，用河流的動能發電，取代了數量非常巨大的火電用煤。水力發電屬於清潔能源，每年減少的二氧化碳排放、燃煤數量和其他汙染物排放的數量是非常驚人的。