目前，黃淮海平原已經形成比較完善的排水系統，並積累了豐富的防治土壤鹽堿化的經驗。南水北調東線工程調水仍屬補水性質，在壹般情況下，不會導致北方灌區土壤次生鹽堿化。
2、血吸蟲病區北移
根據現場對北緯33°15′以北地區自然環境中釘螺的生存和繁殖實驗以及江蘇省江水北調工程的實踐證明，因氣候原因，大規模調水不會將南方的血吸蟲病區擴散到北緯38°以北地區。
3、移民環境問題
由於丹江口水庫淹沒耕地20萬畝和移民22萬人（1990年調查），數量較大，如全部就地安置移民，將會加大庫區環境壓力，除就地安置壹部分移民外，還可采取綜合措施和外遷移民到新增灌區安置等措施予以妥善解決。
4、對漢江中下遊水文情勢的影響
調水130—140億立方米占丹江口壩址斷面徑流量的1／3，占漢江流域徑流量的22％，可能會引起漢江中下遊水文情勢變化，采取綜合補償措施後，可以基本消除不利影響。
5、對中下遊航運的影響
調水130—140億立方米，河道水位將下降0.6至1.0米，對航運和沿江的引水有壹定影響，采取建設梯級樞紐後可以消除。
6、對下遊河道造床運動的影響
調水130—140億立方米（引水規模500立方米每秒），對漢江中下遊出現800—1000立方米每秒的天數減少約20天，出現1000—3000立方米每秒的天數減少約100天，對漢江下遊河道沖淤和環境容量有壹定影響，采取引江濟漢（引水500立方米每秒）補水，可以避免或減輕其不利影響