從20世紀90年代中期開始，孔飛力把海外華人移民史作為自己的研究新重點。海外移民史的研究，使他得以把中國歷史與世界歷史的考察融為壹體，在更開闊的視野下審視中國歷史和中國人，探討海外華人與祖國、與住在國的復雜關系及其身份認同、歷史與現實遭際、華人社會的社會結構與文化心態等問題。他認為海外華人史是中國近代史的壹部分，研究海外華人，可以了解中國人移民海外的過程，他們為什麽會離開國家去移民，他們在海外的經歷怎樣、怎麽發財？或者成功，或者失敗。還有，別的民族為什麽有的時候會欺負華人，有什麽歷史緣故？海外華人和當地的居民、政府有什麽樣的關系？這些關系又怎麽影響到他們的前途？內容很多，它涉及人類學、經濟學、政治學、社會學、宗教學以及民族學和國際關系等等，所有這些學科都構成海外華人研究的壹部分。
1993-1994年，孔飛力在哈佛開設海外華人課程的。孔飛力認為中國文化使中國移民形成幾個很有價值的特點，壹個是家庭制度，壹個是商業化，中國早期商業化的歷史和移民的歷史關系很密切。還有壹個特點是在海外維持中國文化，這也是非常普遍的現象。中國移民在海外，它的融合過程，事實上很慢。中國人在泰國融合得比較成功，可是很多泰國的華人家庭仍然維持他們原來的中國姓，他們的個人行為和信仰都是非常中國化的，具有很濃厚的中國傳統文化的特征。
孔飛力認為，要理解海外移民史，必須將中國漫長的國內移民史作為基本的背景，海外移民史只不過是整個移民進程的壹個特例。孔飛力十分強調將海外華人移民史與中國歷史本身聯系起來考慮，海外移民史的根在中國。這是孔飛力研究海外華人移民史的壹個基本出發點和立場。
孔飛力形象地將中國比作壹所海外移民的學校。他所謂的“移民學校”，是指中國東南沿海的壹些著名商業城市，如廈門、廣州等。孔飛力認為它們是向海外移民的“中轉站”。海外移民在國內這所“移民學校”獲得的是“歷史資本”，即壹個特定歷史時期獲得的歷史經驗，而不是“文化資本”。
孔飛力在中國社會史、政治史的研究中，歷來十分註重研究紳士——社會精英在社會中的地位和作用問題。在海外移民史問題上，他仍然關註社會精英這壹群體的作用。當然，在海外華人社會這壹特殊群體中，社會精英不再是擁有功名的文人紳士，而是來自各個方言集團和區域集團的華商。孔飛力認為主要有兩種方式，使海外華人精英獲得其領袖地位的認同。壹是，通過強調“祖國”意識來超越方言的、區域集團的界限。二是，通過捐款給慈善事業和教育。獲得當局向他們頒發各種頭銜。海外華人社會精英追求身份認證的結果，就是泛華運動(pan-Chinese movement)的興起。
孔飛力深刻總結了泛華運動的雙重後果。從積極方面講，泛華運動造就了壹批傑出的具有社團甚至地區影響力的華人領袖，如陳嘉庚。但從消極方面看，泛華運動又付出了痛苦的代價，“祖國”作為壹個民族—國家而不是社會—文化認同的象征符號，使得華人在新加坡這個被其領導人稱為多元種族的國家裏以及其他南洋國家中倍受排擠。在東南亞，“華僑”壹詞至今仍具敏感性，他們與祖國的政治、經濟、文化聯系，常為排華運動之口實。