自然資源部的主要職責如下:
1.履行全民所有的土地、礦產、森林、草原、濕地、水、海洋等自然資源資產的所有者職責，控制所有土地的空間用途；
2.負責自然資源的調查、監測和評價；
3、負責自然資源統壹權屬登記；
4、負責自然資源資產的有償使用；
5、負責自然資源的合理開發和利用；
6.負責建立空間規劃系統並監督其實施。
為統壹行使全民所有的自然資源資產所有權人職責，統壹行使土地和空間用途管制、生態保護和修復的全部職責，著力解決自然資源所有權人不到位、空間規劃重疊等問題，實現山水、林、田、湖、草的整體保護、系統修復和綜合治理。規劃提出，將國土資源部和國家發展改革委的機構編制職責編入主體功能區規劃職責。將住房和城鄉建設部城鄉規劃管理職責、水利部水資源調查和權屬登記管理職責、農業部草原資源調查和權屬登記管理職責、國家林業局森林、濕地等資源調查和權屬登記管理職責、國家海洋局職責、國家測繪地理信息局職責整合組建自然資源部。自然資源部作為國務院組成部門，保留國家海洋局的牌子。
第六條自然資源部下設下列機構:
(壹)根據中央授權，自然資源部向北京局、沈陽局、上海局、南京局、濟南局、廣州局、武漢局、成都局和Xi安監局派出國家自然資源督察員，承擔所轄區域的自然資源督察工作。9個監察局行政編制336人，廳局級局長64人(9個監察局配備1加2名副職，對應37個被巡視單位配備1名巡視員)。
(二)陜西測繪地理信息局、黑龍江測繪地理信息局、四川測繪地理信息局、海南測繪地理信息局實行以自然資源部為主要領導的管理體制，具體組織事項另行規定。
(三)自然資源部分別在北海、東海和南海設立派出機構，具體職責和組織事項另行規定。