貢嘎縣、浪卡子縣人民政府負責所轄行政區域內的羊卓雍錯保護工作。
沿湖各鄉（鎮）人民政府負責所轄行政區域內羊卓雍錯保護工作，明確專人負責日常管理和保護。第六條 羊卓雍錯保護實行湖長制，由各級湖長對其責任水域的管理、保護、治理予以監督和協調，督促或者建議政府及相關主管部門履行職責，解決責任水域突出問題。第七條 水行政主管部門是羊卓雍錯保護管理的主管部門，履行下列主要職責：
（壹）組織開展羊卓雍錯區域的水資源保護、水環境整治、水生態修復和水汙染治理；
（二）擬定羊卓雍錯保護方案，負責羊卓雍錯保護的日常監督管理；
（三）會同生態環境主管部門建立羊卓雍錯水質監測、預警制度；
（四）在羊卓雍錯保護範圍內設置界樁、標識標牌；
（五）法律、法規規定的其他職責。
發展和改革、公安、財政、自然資源、生態環境、住房和城鄉建設、交通運輸、農業農村、旅遊、林業和草原等部門按照各自職責，做好羊卓雍錯保護工作。第二章 水域及岸線保護第八條 市人民政府應當統壹編制羊卓雍錯水域及岸線保護規劃，實行岸線分區管理，強化岸線用途管制，采取有效措施，保持羊卓雍錯岸線自然形態。第九條 在羊卓雍錯保護範圍內，應當嚴格控制建設項目，禁止建設與羊卓雍錯生態保護、防汛抗災、水質監測等公***設施無關的項目。已經建成的其他項目，鼓勵從保護範圍內逐步退出。第十條 在羊卓雍錯保護範圍內，禁止下列行為：
（壹）圍湖造地或者未經批準圍墾河道；
（二）毀壞防汛、水文監測、水文地質監測設施；
（三）損毀氣象、測量、環境監測等公***設施；
（四）采砂、采石、取土；
（五）設置、張貼商業廣告；
（六）其他破壞水域及岸線的行為。第三章 水汙染防治第十壹條 羊卓雍錯水域及主要入湖河流的水體水質按照不低於國家《地表水環境質量標準》Ⅱ類標準的目標采取保護和汙染防治措施。第十二條 向羊卓雍錯保護範圍內及主要入湖河流排放的水汙染物，應當達到國家和自治區規定的排放標準。第十三條 市、縣人民政府應當在羊卓雍錯流域逐步完善城鄉汙水處理設施建設，加強生產生活汙水治理。第十四條 市、縣人民政府應當在羊卓雍錯流域統籌建設城鄉垃圾分類收集、運輸、處理設施，實現垃圾無害化處理和資源化利用。第十五條 市、縣人民政府應當在羊卓雍錯流域加強畜禽養殖監管，劃分畜禽養殖禁養區。
規模養殖場應當建設糞汙處理設施，提高畜禽糞汙綜合利用率。依法處置畜禽養殖廢棄物。第十六條 市、縣人民政府應當在羊卓雍錯流域采取措施，指導農業生產者減少農藥、化肥使用量，推行有機肥替代化肥、病蟲害綠色防控替代化學防治，實現化肥農藥使用量零增長，並進壹步制定和落實削減計劃。禁止使用高毒高風險農藥。第十七條 市交通運輸管理部門根據水環境質量保護目標，對羊卓雍錯實行船舶入湖許可和總量控制制度。推廣使用清潔能源作為動力的船舶。
依法批準入湖的機動船舶應當配有防滲、防溢、防漏設備，防止殘油、廢油等汙染物入湖。船舶造成汙染事故的，應當及時采取補救措施，並向相關部門報告，接受調查處理。