眾所周知，水利工程包括防洪、農田水利、水力發電、航運、跨流域調水、城鄉供水、海岸防護、圍墾工程、灘塗利用等。水利工程建設是人類改造自然的實踐活動，是人類通過工程手段對自然界中的水進行控制、調節和治理。修建水利工程的目的是為了減輕和避免水旱災害，滿足人類社會發展的需要。
水利工程在防洪、灌溉、供水和發電方面發揮著重要作用，其建設和運行對河流生態系統的結構和功能產生多種影響。這裏我們把水利工程對生態可能產生的負面影響歸納為以下六個主要方面。
大壩屏障的影響
大壩阻擋了河流，改變了河流的自然流動模式，打破了河流自然生態系統的平衡。比如遷徙生物的遷徙路線被破壞，上遊泥沙淤積，下遊河流侵蝕，河口退縮，水體自凈能力降低。
水庫淹沒的影響
水庫上遊的淹沒造成了土地、自然和文化遺產、景觀、移民、動植物棲息地、生物多樣性等的損失和破壞。
水庫調蓄的影響
水庫調蓄將對庫區及其周邊地區的地質結構、地下水位和氣候產生影響，可能誘發土地鹽堿化和沼澤化，水質富營養化，以及地震、滑坡和地下水位上升造成的水面蒸發增加。
潰壩風險的影響
洪水、地震、戰爭等可能導致的潰壩。會增加下遊地區人民生命財產安全的風險。
調水工程的影響
跨流域調水會因水量減少而對調水流域下遊產生生態影響，如供水安全、河流斷流、河口萎縮等。對轉移流域可能產生的影響主要包括工程沿線的移民安置、水汙染、水生微生物傳播的疾病等。
灌溉的影響
主要是由於灌區過度引水，灌溉方式不當導致河流斷流、河流生態退化、地下水位下降、土壤次生鹽漬化。
在這些影響中，攔壩和洪水造成的移民安置、泥沙淤積和生物多樣性破壞是水利工程生態影響中最突出的問題。
上述生態影響問題是客觀存在的，產生的原因各不相同，但主要有三個方面。
第壹，項目本身的缺陷。水利工程技術本身的固有特性是壹些生態問題的根源，工程的存在往往意味著壹些生態問題的存在。
第二是人類認識水平的限制。在壹定的時空條件下，人類對自然規律的認識有壹定的局限性。對水利工程可能產生的壹些生態問題沒有充分認識或考慮。
三是制度缺失。雖然人們已經意識到水利工程的壹些生態問題，並采取相應的措施來消除這些生態問題。但由於重視不夠或制度安排不當，這些生態問題愈演愈烈。