壹切都要從歷史說起。與那國島在冰河時期是九州島的壹部分，與九州島接壤。1510並入古琉球王國，成為琉球的殖民地。古代琉球王國與中國建立了長期的朝貢關系。琉球王國因其特殊的地理位置，作為東北亞和東南亞貿易的中轉站而聞名，貿易發達，戰略地位重要。而與那國島是連接馬來移民的樞紐，所以也很有價值。1609年，位於日本九州最南端的薩摩入侵琉球，失去了奄美群島的領土。所以琉球不得不向中國進貢，還有日本的薩摩亞和江戶幕府。
明治維新後，日本出兵占領琉球群島，與那國島也被日本吞並。1872年，日本強迫琉球王國國王做藩屬，七年後琉球被廢。1879年3月琉球島並入鹿兒島縣，次月並入沖繩縣。日本將除奄美大島以外的其余島嶼劃歸沖繩縣管轄，奄美大島則歸鹿兒島縣管轄。1877年至1880年，清政府向日本提出交涉，但弱國無外交，日本對清政府不予理睬。
1947年4月，聯合國根據《原日本委任統治島嶼協定》將琉球群島和釣魚臺群島托管給美國。1953年，美國將琉球王國的領土交給日本托管，但與該國的島嶼仍由美國管理。直到1972，美國才把那個島的管理權交給日本。
由於與那國島缺乏自然資源和物資，島民選擇去臺灣省購買物資。有人說，既然與那國島是日本管轄的，為什麽島民不從大陸買材料？因為交通極為不便，經濟上遠不如從臺灣省購買。島民們還把他們的孩子送到臺灣省接受教育，那個島上的許多中學生和大學生都畢業於臺灣省的學校。此外，與該島居民的通信和電視都是由臺灣省提供的信號服務。與那國島距離日本主島很遠，無論是地理位置還是經濟位置都離臺灣省很近，於是島民們萌生了“投資臺灣省”的想法。
為了加入我國，該國島民於2005年發表“自力更生自治”宣言，提出與臺灣省發展經貿關系的“邊境交流特區”，如發行特區護照、與花蓮發行貨幣、構想災害互助協議等。後來島上居民提出了幾個“獨立”主張。然而，這些提議遭到了日本的反對。