1，支付方式不同:
(1)新農保繳費檔次分為8檔，相關費用全部由個人支付；社保按個人工資比例繳納，公司繳納；新農保的繳費檔次分為八個檔次，從小到大依次為:100元、200元、300元、400元、500元、1000元、1500元、2000元。而新農保的費用全部由個人支付；
(2)社保繳費以社會平均工資乘以60%-300%為基數，由單位和個人共同繳納。
2.收藏的不同方面:
(1)新農保養老金待遇=基礎養老金(55元)+個人賬戶總額/139；
(2)社保養老金待遇=基礎養老金+個人賬戶養老金。
3.不同的報銷率:
(1)社保中的醫療保險主要用於就醫報銷，包括住院醫療費用報銷、生育津貼和普通門診醫療費用報銷；
(2)不同報銷比例在新農合分擔責任的地區也不同。如果在鄉鎮衛生院治療，新農合報銷比例更高；如果在市級醫院以上的醫院，社保報銷比例更高。兩者都隨著醫院級別的提高而降低。
4.不同的使用範圍:
(1)社保中的醫保可用於掛號、就醫、購藥、住院報銷等。
(2)新農合只能在很多城市住院報銷，也可以在少數城市就醫報銷。
5.不同的覆蓋範圍:
(1)社保凡有正式工作或在城鎮的，均可參加社保；
(2)還有新農合，只有農村戶口才能辦。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》第二十六條。
職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險按照國家規定執行。