吉水縣地形有山地、丘陵、平原三大類，以丘陵為主。東、北、南地勢略高，西、西北地勢略低，由東向西依次傾斜，形成半開放式盆地，盆地底部為吉太平原。東南西北兩頭大，中間窄。最高點是縣城東北部的大東山，海拔891.3米；最低點是縣城的北新碼頭，海拔只有38.0米。
吉水縣的氣候特征。
吉水縣屬於亞熱帶地區，氣候溫和，雨量充沛，日照充足，四季分明，具有東亞季風濕潤氣候的特點。以2015為例，吉水縣氣溫較高，降水稍多，日照較少，為壹般年份。溫暖的氣候在春天出現得更早，氣溫更高，日照時間更多。夏季氣溫低，降水日數多，高溫天氣少，日照時數異常少；秋季氣溫異常偏高，降水偏少，日照時數接近常年。