1902年2月，魯迅赴日，先入東京弘文學院，兩年後轉入仙臺醫學院(現東北大學醫學部)學醫，並與講師藤野嚴九郎結下深厚友誼。也是東北大學第壹個留學生。魯迅的醫學平均分是65.5，作為壹個剛來的留學生來說還算不錯。他在醫學院讀書的時候，偶然看了壹部日本的日俄戰爭紀錄片，裏面有日本士兵殺害日本人的鏡頭，讓他感到憤慨:“日俄戰爭為什麽打在中國的土地上？””“救國救民，先要救心；我認為:作家對拯救心靈的貢獻最重要！”便棄醫從文。1906年3月退學，母親命令他回國與朱安結婚。抱著用文學改造人的惡習的想法，魯迅回到日本學習文藝，1907年，計劃創辦雜誌《新生》，但因經費問題未能成功。1908師從章太炎，加入光復會，隨二哥周作人翻譯外國小說。1909從日本回國。
當時，他和二哥周作人翻譯了兩卷外國小說，發表了《科學史教學》、《文化偏離論》、《摩羅詩論》等壹系列重要論文。在這些論文中，他提出了“建國”必須先“立人”的重要思想，並熱情地號召“精神世界中以反抗為目的，以行動為目標的勇士”。
魯迅在日本留學期間，初步形成了他的世界觀和人生觀。但魯迅的思想感情不僅當時的大多數日本人無法理解，在中國留學的學生中也難以得到廣泛的響應。他翻譯的外國小說只能賣幾十本，他組織的文學雜誌也因為缺乏資金而無法出版。計劃生育的困難迫使魯迅回國找工作。