副處級行政機構
貫徹國家、自治區和赤峰市關於推進農牧業產業化的政策法規，研究制定赤峰市農牧業產業化發展的政策措施，編制農牧業產業化發展規劃和年度計劃；對農牧業產業化龍頭企業進行宏觀指導；組織農牧業產業化龍頭企業招商引資和對外經濟技術合作；貫徹國家和自治區關於鄉鎮企業發展的政策法規，指導全市鄉鎮企業工作。
畜牧業現代化服務中心
貫徹執行國家、自治區、市政府關於畜牧業引進資金項目和回收貸款的方針、政策和規定。負責我市項目區國際農業發展貸款及配套資金的回收和管理，並向市政府、農業部和自治區畜牧廳負責和報告。負責項目區農業發展貸款回收的審核和配套資金回收再利用的監督。承擔市政府項目區的建立、實施和管理，各級政府每年償還貸款兩次，督促貸款和後續建設項目。負責指導阿、右、科、翁四旗項目辦鞏固、提高和後期監控管理項目。負責我市北方草原項目區畜牧業新項目的引進、應用和管理，畜牧業生產、技術指導、咨詢、培訓和接待專家。負責洪山區澳大利亞政府貸款回收和草產品開發項目的管理。負責赤峰草畜產品開發技術服務站的管理和業務指導。
赤峰市農業科學研究所
科級全公益性科研機構
針對本市農業生產中存在的關鍵科技問題，開展應用基礎、應用技術和技術開發研究；承擔國家、農業部、自治區和赤峰市下達的農業科研項目，進行科技攻關和配套技術集成，為推廣應用提供技術支持；負責農業信息、科技管理等軟科學研究；加強農業科研單位的橫向聯合；協調和指導自治區和赤峰市確定的重點科研項目；開發和應用科研成果。
赤峰畜牧獸醫科學研究所
科級全公益性科研機構
編制我院畜牧業科研發展的長遠和年度計劃；根據畜牧業生產中的技術問題，開展畜牧獸醫科學的研究和開發，為全市畜牧業生產服務；承擔國家、自治區和赤峰市下達的科研項目。
赤峰市農牧業機械化研究推廣中心
科級全公益事業單位
貫徹執行農業技術推廣的方針、政策和法律、法規，按照農業技術推廣法和農業機械化促進法的要求開展工作；承擔自治區和赤峰市下達的農業機械化技術試驗、示範、引進和推廣項目，以及新技術、新機具的推廣；負責編制和實施全市農業機械發展規劃和推廣項目，為政府決策提供依據；負責新技術、新機器的宣傳和培訓；開展技術、信息和咨詢服務，加強橫向聯合和技術交流；負責全市農業機械推廣項目的推薦、技術指導、監督管理和驗收審查；承擔自治區委托的農業機械行業職業技能鑒定；指導縣區農機推廣工作。
赤峰農業技術服務中心
科級全公益性事業單位，同時掛赤峰植保檢疫站、赤峰土壤肥料工作站、赤峰農牧科技教育工作站、赤峰農產品質量檢測中心牌子。
負責全市農作物病蟲害和鼠害的預測和防治工作；負責制定和實施植物保護和植物檢疫技術、農藥和醫療器械的試驗、示範和推廣；負責全市植物檢疫工作；負責農藥的監督管理。貫徹農業法和農業技術推廣法；負責制定並組織實施重大農業技術推廣項目；負責重點農業新技術、新成果、新品種的引進、試驗、示範、培訓和推廣；負責全市農牧民的科技培訓；負責全市農業技術服務體系的建設和管理；承擔農業行業技術工人的等級培訓和鑒定；承擔農牧業專業技術人員的繼續教育。貫徹執行上級有關土壤肥料的政策法規；負責新型肥料的引進、試驗、示範和推廣；負責全市適宜農業的土壤資源和荒地資源的調查、評價、利用和規劃；負責全市中低產田改造計劃的制定、試驗、示範和推廣；負責耕地地力的動態和監測。
赤峰市農牧機械監理站
科級專職機構
貫徹執行國家有關農業機械安全生產和管理的方針、政策、法律、法規和規章；負責拖拉機、聯合收割機等農業機械的牌證管理、技術檢驗和安全檢驗；負責拖拉機、聯合收割機等農業機械駕駛操作人員的考核鑒定；糾正農業機械違章行為；處理農業機械事故；開展農業機械安全生產宣傳教育；對旗縣區農機監理處(站)進行業務指導和人員培訓。
赤峰種子管理站
科級專職機構
負責全市種子市場的監督檢查；負責全市種子質量管理和技術監督；農作物品種管理，管理農作物新品種的引進、區域試驗、生產試驗和審定；種子生產許可證、種子經營許可證、種子運輸許可證等證書的審批、發放和管理；依法規範種子市場，依法查處非法生產經營農作物種子的案件；管理本市農作物種子的南繁和國家救災種子儲備；承擔全市種業財務管理、財務報表和統計報表的匯總和上報工作；負責全市種業發展的規劃和指導。
赤峰市農牧業經營管理站
科級專職機構，同時掛赤峰市農村集體經濟審計辦公室牌子。
負責監督農牧民預決算的使用；負責農牧民負擔執法檢查、信訪接待、案件查處；負責全市農村牧區財務和集體資產的審核及集體資產權屬的界定；負責農村牧區財經紀律案件和集體財產糾紛的調查處理；負責農村牧區財務會計管理；負責農村牧區財務公開制度的實施和檢查；負責土地、牧場和其他農牧業合同無效的指導、核實和確認，以及合同糾紛的調解和仲裁；負責全市農村牧區土地草原承包合同的檔案管理；負責全市農村牧區土地和草原流轉管理工作；負責農村牧區經濟統計工作；負責農牧民專業合作組織管理和農牧民經紀人隊伍建設；負責農牧業經營政策的宣傳。
赤峰市農業資源區劃辦公室
科級全公益性事業單位，同時掛赤峰市農業信息中心牌子。
負責全市農牧業資源區劃管理的日常工作；開展農牧業資源調查、統計和監測；組織編制農牧業資源區劃和農牧業資源開發、利用和保護規劃；組織農牧業資源開發利用項目的可持續利用影響評價；開展農牧業資源持續高效利用和農業農村牧區可持續發展的試驗示範；為政府宏觀決策和管理提供農牧業信息服務；為全市農牧業系統提供網絡信息服務；為全市農牧業生產經營單位、農牧業企業和農牧民提供農業信息服務。
赤峰農業環保能源站
科級全額公益性事業單位，同時掛赤峰農畜產品質量安全管理中心牌子。
貫徹執行國家、自治區和赤峰市有關農業環境保護和農業能源的政策、法規和標準，進行執法監督；負責生態富民工程和大中型沼氣工程實施的申報、審核、上報、檢查、指導、驗收和監督管理；負責生態農業建設的管理和試驗示範；負責農村能源開發和管理的試點工作；負責指導全市農業環境監測網絡，開展農業環境監測、檢測和評價；參與全市範圍內農業區汙染事故和資源破壞的調查處理；負責全市綠色食品標誌的審批和管理；負責全市無公害農畜產品和有機食品的認證工作，並對認證產品的生產過程進行跟蹤檢查和質量控制；開展與認證相關的技術咨詢、培訓、指導和宣傳。
赤峰市農業多種經營管理站
科級全公益事業單位
根據市場經濟發展的需要，制定全市多種經營農業生產的發展規劃和實施計劃，提供生產管理和技術服務；開展多元化產供銷研究，為政府宏觀決策和制定相關政策提供科學依據；承擔國家、自治區和赤峰市重點科技項目；負責各種經濟作物(果樹、蔬菜、甜菜、瓜類、食用菌、花卉、藥材等)新品種、新技術、新材料的示範、引進和推廣。);負責推廣經濟作物標準化栽培技術和無公害生產技術；負責設施農業建設的規劃設計和技術引進的示範推廣；負責水果貯藏和加工的技術指導；負責名、優、特農產品的開發；負責多樣化的信息服務、技術咨詢和技術培訓。
赤峰市國營牛場綜合服務站
科級全公益事業單位
認真貫徹執行國家、內蒙古自治區政府、市委、市政府和市農牧局關於土地復墾的方針、政策和法規；負責農墾企業內部的協調和外部的協調；負責農墾建設和生產項目的評估、論證和指導以及農墾企業的管理；負責協調農墾系統的產業化建設；指導商品基地建設和農業綜合開發以及農墾系統建設；負責指導農墾系統農、牧、林、水、農機等涉農學科的科技進步和技術推廣；為全市農場、牧場的生產提供科技指導和技術咨詢，開展試驗示範和科技推廣；對全市農場、牧場的科技人員進行業務培訓；建立和維護農墾系統的微機網絡系統，保證信息暢通。
赤峰市動物防疫站
全額撥款科級機構
配合農牧行政管理部門貫徹執行黨和國家關於發展畜牧獸醫事業的方針、政策和法律法規；組織和指導各級動物防疫機構完成畜禽的保健、防疫、檢疫和常見病的診治；負責畜禽疑難和新發疾病的診斷、防治；負責監測和消除重大疫情；開展人畜共患病防治，維護社會公共衛生；負責司法和獸醫衛生監督部門委托的獸醫技術鑒定。
赤峰草原工作站
科級全額撥款企業名單，同時掛赤峰牧草種子工作站牌子。
配合農牧行政主管部門貫徹執行黨和國家關於草原的法律、法規和政策；編制全市草原建設和技術推廣計劃，組織全市草原管理、保護、建設和合理利用方面的技術推廣和技術指導；負責全市人工草地、半人工草地和飼草料加工的推廣；負責草原適宜增產技術的推廣應用；負責草原鼠、蟲、病、毒草的預測和防治；負責全市人工和野生牧草種子生產的技術指導，牧草種子生產建設的監督檢查，飼草田的設計和田間管理；負責草原技術咨詢服務和信息交流；受赤峰市農牧局委托承擔全市範圍內牧草種子生產經營許可；承擔全市草原的保護、建設、規劃和利用。
赤峰家畜改良站
科級全額撥款的公益事業單位，同時掛赤峰家畜冷凍精液站和赤峰家畜監測管理站牌子。
制定並組織實施全市畜禽改良、養殖和區域發展規劃；負責畜禽新品種的選育、改良和引進；依法對種畜禽的生產、經營和使用進行規範管理；負責種畜禽質量監督檢查；種畜禽普查、鑒定和備案；依法打擊種畜禽生產、經營和使用中的違法行為；負責優良畜禽的轉移、調撥、調劑和管理；配合農牧主管部門完成全市家畜改良和家畜繁育任務；負責優良純公牛的育種管理、種源開發利用；負責公牛精液的采集和檢驗，冷凍精液顆粒的生產、儲存和發放，保障本市家畜改良育種冷凍精液的使用和供應；負責液氮的生產和儲存，保證全市畜禽改良和養殖所需液氮的供應；負責與種公牛配套的飼料的生產、加工、配制和儲存。
赤峰市動物防疫監督檢查站
部門級全額撥款機構
貫徹執行國家有關畜牧業發展的法律、法規和規章；負責監督、發放和管理動物防疫證件、印章和標誌；負責動物疫情監測、工程驗證和檢疫檢驗；負責制定業務管理的操作規範和程序；依法查處動物防疫違法案件。
赤峰市草原資源監測管理站
部門級全額撥款機構
宣傳、貫徹、監督、檢查草原法律、法規和政策的執行情況；查處違反草原法律法規的行為；負責全市草原監督管理工作的指導、協調和監督，對全市草原監督管理系統人員進行培訓和考核；負責全市草原資源和生態的動態監測和草畜平衡的具體管理；負責草原權屬的審核、登記和管理以及糾紛的調解和調整；對征收或者征用草原和草原建設項目進行現場檢查、監督檢查，處理臨時占用草原的有關事宜；負責草原野生植物資源的保護、合理開發利用和草原自然保護區的管理；負責草原防火的具體工作。
赤峰市獸藥監督所
部門級全額撥款機構
貫徹國家獸藥管理的方針和政策；負責內蒙古東部地區獸藥質量監督、檢驗和技術仲裁工作，根據上級部門每年制定的強制檢驗任務，定期對獸藥進行抽樣檢驗，嚴把獸藥質量關；調查了解本轄區獸藥生產、經營和使用情況；指導轄區內獸藥生產經營企業質量檢驗機構的業務和技術工作，協助解決技術問題；開展獸藥質量、獸藥標準、獸藥檢驗新技術、新方法研究，獸藥殘留分析方法研究；參與獸藥廠的檢查驗收，進行技術把關；協助農牧局管理獸藥市場。
赤峰飼料質量監督檢驗所
部門級全額撥款機構
《飼料和飼料添加劑管理條例》及相關質量法、計量法和標準化法的宣傳、貫徹和執行；負責對全市飼料、飼料添加劑和添加劑預混合飼料的審查登記證書和生產許可證、動物飼料生產安全衛生證書、飼料產品批準文號進行初審和技術審查；承擔轄區內飼料產品的監督抽查、監督檢驗和技術仲裁；調查了解本地區飼料生產、經營和使用情況，指導飼料生產、經營企業的業務和技術工作，幫助解決技術問題；開展飼料質量、飼料標準、飼料檢驗新技術新方法研究，飼料中違禁藥物分析方法研究，開展無公害飼料產品檢驗和各類委托檢驗。
赤峰鐵路動物防疫監督檢查站
科級專職機構
完成赤峰市農牧局和自治區鐵路動物防疫監督檢查站下達的任務，負責轄區鐵路運輸動物檢疫執法工作；負責鐵路建設項目動物防疫條件的審批和驗收；執行監管任務時，應當按照相關法律法規和程序辦理；負責鐵路運輸車輛獸醫衛生管理，落實裝卸、補檢、復檢、消毒工作；負責鐵路運輸衛生指導、動物防疫科技宣傳和技術推廣；糾正和制止違反動物防疫法律、法規和規章的行為，依法決定行政處罰，鑒定和裁決運輸中的獸醫衛生技術糾紛。