(1)辦公室
綜合協調局機關和直屬單位的工作，督促重大事項的落實；承擔會議組織、文電處理、督查、機要檔案、保密管理、政務信息、政務公開、績效管理、地方誌編纂、新聞宣傳、信訪、統計等工作。；負責起草綜合材料，組織協調綜合調研和局機關規章制度建設；負責法制宣傳教育，監督檢查“三品壹裝”法律法規的執行情況，監督檢查轄區內行政執法和執法證件管理情況，審理、復議和應訴行政案件；牽頭辦理全國人大和CPPCC的議案答復；行政事務管理，負責固定資產的綜合管理、安全和值班；負責局機關行政經費和全市系統財務管理、內部審計，負責國有資產管理和政府采購；負責應急管理的綜合協調；指導信息網絡建設。
(二)保健食品和化妝品安全監管部門
監督保健食品、化妝品衛生標準和技術規範的實施，負責保健食品經營企業的許可；負責保健食品和化妝品衛生監督的日常監管；參與實施保健食品和化妝品的安全性監測和安全性評價；負責收集和報告保健食品和化妝品的安全信息；負責保健食品和化妝品的應急響應；負責轄區內保健食品廣告的監測。
(三)藥品安全監管科
負責中醫藥和民族醫藥的監管工作；參與藥品註冊和藥包材註冊的現場核查；參與對直接接觸藥品包裝材料(包括容器)企業的監管；負責醫院制劑的初審和醫院制劑調劑的初審。負責藥品生產企業的日常監管；參與組織實施國家基本藥物目錄和藥品分類管理制度；監督實施藥品生產質量管理規範、中藥飲片生產質量管理規範和醫療機構制劑質量管理規範；參與藥品生產企業和醫療機構資質認證的組織實施，參與藥品生產企業和醫療機構制劑和放射性藥品生產許可證的管理；參與組織實施藥品再評價和淘汰工作；負責藥品、醫療用毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品和藥品類易制毒化學品的監管；負責藥包材生產企業的日常監管；指導藥品不良反應監測機構和藥物濫用監測機構的業務工作；負責突發藥品安全事件應急處理的相關工作；配合政府宏觀經濟管理部門實施國家醫藥產業發展規劃和產業政策。
(四)藥品市場監管科
參與《藥品經營質量管理規範》的監督實施；負責藥品(疫苗)業務的監管；參與實施藥品經營資格認定和藥品經營許可證管理；負責藥品使用的監督；負責對醫療用毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品和藥品類易制毒化學品的供應和使用進行監管；負責中藥材市場的監管；負責醫藥衛生體制改革和藥品集中采購的相關工作；指導農村藥品供應網絡建設；負責互聯網上藥品信息服務和交易服務網站的監管；負責突發藥品安全事件應急處理的相關工作；負責藥品廣告的監測。
(五)醫療器械監管科
監督管理醫療器械的研發、生產、經營和使用；監督企業執行醫療器械註冊產品標準，開展醫療器械經營企業誠信建設；負責審查醫療器械經營企業許可證申請材料，負責醫療器械生產經營企業的日常監督管理；負責第壹類醫療器械的註冊；指導醫療器械不良事件監測機構開展監測和再評價工作；負責醫療器械突發群體不良事件的應急處理；負責醫療器械廣告的監測。
(6)檢查科
受理對藥品、醫療器械、保健食品、化妝品研制、生產、流通和使用中違法案件的舉報，並依法調查處理；協調調查重大案件和跨市縣行政案件；組織監督檢查和藥品質量監督抽檢；負責辦理省美國食品藥品監督管理局交辦的藥品、醫療器械、保健食品、化妝品違法行政案件和其他要求設區的市協辦的行政案件；組織開展藥品市場監管工作；指導農村藥品監管網絡建設；組織藥品、醫療器械、保健食品、化妝品突發安全(不良)事件的應急處理。
(7)人事教育科
負責管理全市食品藥品監管系統的機構、編制、人事、勞動工資和幹部；負責起草全市食品藥品監督管理人員培訓計劃並組織實施；參與實施執業藥師(含執業藥師)資格制度；負責全市藥學(不含衛生系統)、醫學工程初級技術職務的評審和系統內事業單位專業技術人員的管理；負責藥學和醫學工程專業初、中級技術人員的繼續教育；組織企業特有工種的職業技能鑒定；組織實施全市藥品、醫療器械、保健食品、化妝品生產經營企業從業人員的專業培訓；負責全市系統內各類出國人員的政審、審批和對外合作交流；負責離退休幹部的管理工作。