根據上述職責，崇州市教育局設9個機構:
1，崇州市教育局辦公室；
2.崇州市教育局安全監察科；
3、崇州市教育局督導室(掛市人民政府教育督導室牌子)；
4.崇州市教育局計劃與財務審計科；
5.崇州市教育局教育科(掛行政審批科牌子)；
6.崇州市教育局人事處；
7.崇州市教育局宣傳科；
8.崇州市教育局招生辦(掛崇州市大學牌子，中專招生委員會辦公室，崇州市高等教育自學考試委員會辦公室)；
9.崇州市教育局黨工委辦公室(掛教育工會辦公室牌子)。