智囊團的工作是根據領導者的目標要求而進行的，但是對智囊團本身而言，它有自己的內在規律和工作程序，並有自己壹套行之有效的方法。就其工作程序來講，可分三步進行。
第壹步，接受決策咨詢任務，組建智囊團班子。智囊團的工作壹般都是圍繞著領導人提出的研究任務進行的，首要是為了解領導人的意圖和目標，全面掌握領導人提出該問題的背景和關鍵環節，明確研究問題的目標；其次，智囊團應根據問題的性質和所要研究的專題內容，選用、配備專業人員，組成智囊班子，並有人專門負責。再次，智囊團應該在接受咨詢任務之後，展開初步工作，進行初步調查，並根據初步調查情況制訂工作計劃。
第二步，全面進行調查研究，設計決策的評估方案。調查工作計劃確定之後，智囊班子即可按計劃對所要研究的問題進行全面、深入地調查，收集數據、資料。有數據資料庫的，可先檢索有關摘要，然後根據需要檢索原文再了解問題情況。如果展開市場調查，就必須深入到市場中去，了解與研究項目相關的信息，諸如價格、質量、產地、性能等，從而才能夠對領導人提出的問題和有關指標體系進行分析、對比、研究，進而制定各種方案，並對各方案進行分析和評估。
第三步，多方征求意見，提出決策參考方案。在對各種方案進行分析評估基礎上，經過反復論證，提出壹個初步的研究方案，並召集有關人員，聽取他們對該研究方案的意見和反應，有可能的話還可以與領導人進行思想溝通，聽取領導的初步反應。然後，智囊團再根據各方面的意見和反應作相應的指正和調整，力求整個決策方案能夠充分符合領導的要求和實際情況。最後，大家再集思廣益，內部再進行反復的討論與磋商，最終形成壹個可行的決策參考方案，送呈領導者，供其決策參考。
當然，智囊團作為領導的“外腦”，為領導提供決策參考，他們的職能和任務僅在於研究領導者提出的問題，為領導提供各種可供選擇的方案，領導者則從中選優決斷。選優決斷是領導的職能，也是整個決策過程的最後結果。那麽，領導應該如何對智囊團提供的決策參考方案進行擇優決策呢？這其實是領導如何動用智囊團正確決策的問題。
領導人在聽取智囊團意見時，經常的情況是大家的意見大相徑庭，這就要求領導者找出他們的***同點。首先，要求領導者對各種方案虛心聽取，不作任何判斷，並在各種方案的不同點中找出***同點來。接著，設置處理、分析不同意見，使他們趨於壹致，匯集成為壹新的方案。這種求同存異的方法有下面幾種技巧可用：
壹是利弊分析法。由於各種方案迥異，領導者可引導大家對各種方案進行利弊分析，促使各方以利補弊，棄弊趨利，互相取長補短，達成壹致***識。
二是邊際分析法。這種方法是增加決策智囊人員，看他們對不同意見的看法，如果新增人員較多地趨於壹種方案，則該方案較優。
三是冷卻法。即讓爭論雙方暫時平息爭論，冷靜下來進行反思，隔壹段時間後再組織起來加以討論。這樣能夠使大家有壹個清醒的認識，反復權衡，選擇出最優方案。
總之，領導者既要充分發揮智囊作用，又要自己具有最終決策的獨立性，既要科學地運用智囊團的參考方案，又要保證自己決策的有效性。不依靠智囊的作用就不是壹個成功的總經理。在激烈競爭的當今，領導者應該充分發揮智囊團的作用，靈活、有效地動用智囊團，使自己的決策處於合理的構架之中並在實踐中立於不敗之地。