目前由“四院壹院壹中心”組成，分別是附屬腦科醫院、附屬南京兒童醫院、附屬南京市婦幼保健院、附屬眼科醫院、兒科醫學研究所和國際整形美容中心。其中，三級甲等醫院學科實力雄厚，兒科為江蘇省重點學科，神經內科、精神醫學和精神衛生、小兒心胸外科為校級重點學科。兒科和神經病學是博士點，精神衛生和應用心理學是碩士點。兒科醫學研究所有兩個兒童保健和兒童腎病研究中心。兒童營養和兒童腎病相關研究處於國內壹流水平，為保持專業特色奠定了良好基礎。國際整形中心已成為韓國最大的整形美容輸出機構，具有鮮明的韓國整形技術特色。2008年經國內醫療整形美容機構鑒定，綜合實力位居國內前三。學院臨床醫學有四大方向，分別是兒科、精神病學、生殖醫學和視光學。今後招生方向調整為七年制兒科醫學專業和四年制視光專業。
教研室18人，博士生導師5人，碩士生導師47人，教授27人，副教授63人，研究生65438人+001人，七年制學生202人，本科生394人，畢業生總數1541人，總體就業率96.7%。