(1)辦公室
協助局領導組織綜合政策研究，綜合協調機關政務工作，制定機關工作制度。協助局領導協調和監督各部門的業務工作。負責會議組織、文電處理、秘書事務、保密、檔案管理、新聞宣傳、信息、信訪等工作。負責衛生行政復議和衛生執法監督。
研究制定全市衛生人才發展規劃，會同有關部門制定全市衛生機構設置標準、衛生技術人員崗位設置方案和崗位資格標準。指導全市衛生技術人員職務評聘和衛生專業技術隊伍管理工作。負責局直屬醫療衛生單位的勞動工資、幹部考核任用、人事調配、老幹部管理、人事檔案管理等工作。負責全市衛生系統殘疾等級的認定、評定。
㈡財務審計科
編制全市衛生發展規劃，貫徹衛生經濟政策，並檢查監督執行。統籌規劃和協調全市衛生資源配置。負責市級衛生單位基本建設和局直屬單位國有資產及全市衛生專項投資的監督管理。會同有關部門，提出衛生服務價格建議，制定衛生財務管理規定並監督實施，負責市政府直屬醫療衛生單位的財務審計。負責衛生統計、政府財政和國有資產管理工作。
(3)藥事管理部(掛法規部牌子)
負責衛生執法人員培訓和執法人員資格認證。負責組織衛生行政處罰聽證。承辦衛生行政復議。負責審查衛生行政處罰案件，發布衛生管理規範性文件。負責衛生法律法規的宣傳教育。
(4)衛生監督和預防科
依法對職業衛生、食品衛生、學校衛生、環境衛生、放射衛生、化學衛生用品衛生進行監督。負責重大公共衛生事件的調查處理和衛生監督檢查。負責醫療機構、采供血機構、婦幼保健機構和傳染病防治的監管。負責衛生監督隊伍的資格考試和培訓管理。組織制定食品、化妝品等健康相關產品的質量管理方法和措施。
擬訂農村衛生、社區衛生服務和婦幼保健的工作規劃、政策和措施並組織實施。指導基層衛生組織建設和初級衛生保健規劃的實施。組織和指導嚴重危害婦女兒童健康疾病的防治工作。監督婦幼保健專項技術的組織實施。
組織協調開展全民健康教育。承擔愛國衛生運動委員會的日常工作。組織城鄉社會公共衛生活動，檢查指導農村改水改廁工作。
(5)醫務管理部
依法監督全市醫療機構醫技人員職業標準、管理規定和服務規範的實施。負責各級各類醫療機構的業務技術指導和醫療事故鑒定。監督醫療機構的醫療質量和服務質量，依法監督管理血站采供血和臨床用血質量。組織協調公民義務獻血。負責醫療機構和衛生技術人員執業許可證的審核和註冊。協助政府及相關部門對重大傷亡事故進行應急救援。
制定全市中醫藥發展規劃和工作計劃，負責全市中醫醫院和綜合醫院中醫藥宏觀管理。負責中醫學術傳承管理和中醫特色專業建設。
研究制定全市醫學科技發展規劃，負責醫學科技信息、科技保密和科技檔案管理，組織科技成果開發、推廣應用和獎勵工作。制定全市衛生行業在職考試培訓計劃和繼續醫學教育制度並組織實施。負責全市執業醫師、實習護士的執業考試。
(6)地方病防治辦公室
制定傳染病、地方病、職業病、慢性非傳染性疾病以及其他嚴重危害人體健康疾病的防治規劃和措施，並檢查監督實施。負責全市衛生防病機構的業務技術指導。開展疾病監督和監測。發生自然災害和重大疫情時，協助政府有關部門采取措施，控制疾病的發生和蔓延。承擔市地方病防治領導小組的日常工作。負責地方病防治工作的組織協調，指導縣(區)政府及相關部門開展地方病防治工作。