途經廣東三九腦科醫院的公交線路有13條:72條公交線路140條公交線路201條公交線路246條公交線路501條公交線路502條公交線路808條公交線路136條公交線路14條公交線路498條公交線路791條公交線路。
1.廣州火車站，劉樺站，省汽車站-廣東三九腦科醫院到火車站汽車站。乘坐201路公交車到三九腦科醫院站。2.廣州東站-廣東三九腦科醫院到廣州東站。坐808路公交車到三九腦科醫院站。
3.廣元客運站——廣東三九腦科醫院，步行約100米至廣元購物中心2站，乘坐241路公交車(乘坐13路公交車)至雲景花園站下車。步行約560米至廣東三九腦科醫院。
4.天河客運站——廣東三九腦科醫院到天河客運站，乘坐126路公交車(坐3站)，在元崗路西(五十鈴客車廠)下車，步行約460米到廣東三九腦科醫院。
5.芳村汽車客運站-廣東三九腦科醫院
(1)步行約40米到芳村客運站(途經站)，乘552路(乘22路站)到廣州火車站換乘201路(乘13路站)到三九腦科醫院下車。步行約120米到廣東三九腦科醫院。
(2)從芳村客運站步行約240米至地鐵進站口B，乘坐地鐵1號線(乘站14)，在地鐵廣州東站主站G2出入口下車，直行換乘廣州東站公交501(乘站11)、808(乘站165438)。
6.交口汽車站-廣東三九腦科醫院
(1)從交口汽車站乘52路快車(乘1站)到廣州火車站，再換乘201路(乘13站)到三九腦科醫院下車。
(2)從交口汽車站步行約30米到交口站A1出入口，乘地鐵到天河客運站，換乘126路(坐3站)，在元崗路西(五十鈴客車廠)下車，步行約460米到廣東三九腦科醫院。
7.動物園站——廣東三九腦科醫院從動物園站乘坐72路公交車(乘坐10站)到三九腦科醫院站下車。
8.廣州南站——廣東三九腦科醫院:地鐵:從廣州南站乘坐地鐵2號線——換乘地鐵6號線——長阪方向:天平架站B出口，乘坐72路、136路、140路、201路公交車到天平架汽車站(沙臺以南)。