三個同仁堂的區別就是歸屬不同。
北京同仁堂集團是北京市政府獨資企業，主營業務包括現代制藥業、零售商業和醫療服務，整個集團擁有六個二級集團，三家上市公司現在在A股和港股兩地上市的同仁堂就是北京同仁堂集團旗下的壹家子公司。
同仁堂集團另壹家上市公司—同仁堂科技，公司主要從事醫藥技術開發、技術咨詢、研究生物制劑等。南京同仁堂成立於1926年，原來是北京同仁堂在南京的分公司。不過在1955年公私合營時期，南京同仁堂從同仁堂集團分拆，北京同仁堂歸北京市政府，南京同仁堂歸南京市政府。
同仁堂品牌文化
同仁堂文化質量觀形成的原因大致有兩個，壹個是同仁堂人的自律意識。歷代同仁堂人恪守誠實敬業的藥德，提出修合無人見，存心有天知的信條，制藥過程嚴格依照配方，選用地道的藥材，從不偷工減料，以次充好。另壹個是同仁堂的外在壓力，這外在的壓力是皇權的壓力，因為是為皇宮內廷制藥，故來不得半點馬虎，稍有不慎就有可能導致殺身之禍。
歷代同仁堂人堅持配方獨特、選料上乘、工藝嚴格、療效顯著四大制藥特色，生產出了眾多療效顯著的中成藥。1989年，國家工商局將全國第壹個中國馳名商標稱號授予了同仁堂，使同仁堂成為迄今為止在全國中醫藥行業取得中國馳名商標稱號的企業。同仁堂不僅有十大王牌，而且形成了以十大名藥為代表的產品系列，從而贏得了國內外人士的廣泛贊譽。
以上內容參考：百度百科—同仁堂