澄邁縣地域從設縣起至1998年，已有2108年的歷史。西漢元鼎六年（前111年）平定南越，元封元年（前110年）在海南島上設珠崖、儋耳兩郡，設16縣，有23000余戶，隸交趾刺史部。從此，海南島正式列入西漢封建王朝的版圖。珠崖郡下置11縣：曋都、紫貝、茍中、玳瑁、顏盧、山南、臨振7縣，余4縣未詳。儋耳郡下置5縣。茍中縣隸珠崖郡，郡治在今瓊山市龍塘鎮潭口村委會大賓村（古稱石嶺村或石陵村）；壹說在今瓊山市遵譚鎮東譚村。茍中縣治設在那舍都（今美亭鄉東北隅）。西漢置珠崖郡後，因黎民不堪其官吏強征暴斂，多次群起“叛亂”。
西漢初元三年（前46年），朝廷撤銷海南島所有郡縣，在大陸設朱盧縣遙領海南（茍中縣自設立至罷棄僅65年），中央封建王朝鞭長未及，海南成為“自由島”。梁大同六年（540年），高涼郡冼夫人請命於朝，在海南儋耳故地設崖州，管轄海南島，結束了海南600年“自由島”的歷史。
隋大業三年（607年），在舊茍中縣境立澄邁縣，屬珠崖郡。澄邁縣名自此始。唐武德五年（622年），澄邁縣管轄4個鄉，改珠崖郡為崖州，澄邁隸屬崖州。唐貞觀五年（631年）析崖州之瓊山設置瓊州，瓊州名自此始。澄邁仍隸屬崖州。唐貞觀十三年（639年），析瓊山、澄邁領地增設曾口、顏羅、容瓊三縣，均隸屬瓊州。唐乾封二年（667年），瓊州領地除臨機縣外，瓊州與瓊山、曾口、顏羅、容瓊、樂會1州5縣被黎民攻占，朝廷無奈將臨機縣劃歸崖州管轄。唐貞元五年（789年），124年後，嶺南節度使李復收復瓊州及瓊山、曾口、顏羅、容瓊、樂會1州5縣，置瓊州都督府，同時罷崖州都督府。瓊州都督府領崖州、瓊州、儋州、振州、萬安州5州和22縣。澄邁縣錄屬屋州。
五代十國南漢乾和十五年（957年），瓊州之地省顏羅、曾口兩縣，曾口縣地（轄區約今登邁縣的瑞溪、新吳、永發3個鄉鎮，今定安縣的新竹鎮等，今屯昌縣北部等地）劃入澄邁縣。曾口縣治在今永發鎮博羅村。
宋開寶五年（972年），澄邁縣管轄貴平、恭順、永泰3個鄉。廢崖州，以其地入瓊州，登邁縣隸屬瓊州自此始。其時瓊州領地有6縣：瓊山、舍城、澄邁、臨高、文昌、樂會。宋熙寧六年（1073年），海南置1州3軍10縣2鎮。1州即瓊州，設瓊管安撫司，澄邁縣隸屬瓊州。宋宣和元年（1119年），瓊管安撫司改為瓊管安撫都督，澄邁縣隸屬瓊管安撫都督。
元至元十五年（1278年），瓊管安撫都督改為瓊州路安撫司，澄邁縣隸於瓊州路安撫司。
明洪武二年（1369年），瓊州路安撫司改為瓊州安撫司，澄邁隸屬瓊州安撫司。洪武三年（1370年），瓊州升為瓊州府（府治所在今瓊山市府城），領崖、儋、萬3州13縣（後撤並為10縣）。從此，海南島有了統壹的行政管理機構--瓊州府。澄邁縣直隸瓊州府。
明成化元年（1465年），海寇猖獗，邑城內外又壹次化為壹炬。成化五年（1469年），大學士丘濬（瓊山人）以縣治在海濱，為預防不測，議徙建城治在保義都北畔，遭澄邁縣舉人李宣等紳士所阻未果。嘉靖二十五年（1546年），知縣秦誌道排除眾議，奮然選定縣治新址於保義都之北畔，並買北畔嶺上下2處300畝，先建社學，稍後動工建縣衙基址，又因當道胡永晟公以工役勞費，未果。嘉靖三十二年（1553年），澄邁縣歲貢生李向陽復奏遷治北畔嶺，知縣許應龍以海寇屢犯縣治為由，議欲行之，又遭縣治紳士強烈反對，亦因財匱民困而未果。此後，遷治與保治之爭的風波漸漸停息。
清襲明制，澄邁仍直隸於瓊州府。清光緒元年（1875年），遷治與保治之爭停息324年後，再起波瀾。澄邁縣各紳士又議遷縣治，相率往北畔嶺勘視，多數人認為其地不適宜建縣治而作罷。光緒十七年（1891年），知縣李德重得到金江地區徐江繞諸紳和永泰鄉各都圖鄉民的財物支持，在金江鎮創建金江行署。行署建設方興，李德重不幸病卒（李德重任後有張士鋥、俞煐、薛賀圖3人繼任澄邁縣知縣）。光緒十八年（1892年）至光緒二十壹年（1895年），歷經俞（誤說“余”）、薛兩任努力，金江行署始告建成。光緒二十壹年（1895年），知縣薛賀圖將縣署從今老城墟遷到金江鎮金江行署辦公。歷經426年的遷治與保治之爭，以“遷治派”的願望實現而告終。
民國元年（1912年）7月，隸屬瓊崖綏靖處，為廣東省派出機關。民國二年（1913年）3月，隸屬瓊崖鎮守府。同年9月，隸屬瓊崖綏靖督辦公署。民國三年（1914年）夏，復設瓊崖道，澄邁縣隸屬瓊崖道。民國十年（1921年），廢瓊崖道，設瓊崖善後處，為廣東省派出機關，由粵軍駐瓊旅長為處長，掌管軍民兩權，澄邁縣隸屬瓊崖善後處。民國十五年（1926年）2月，國民革命軍渡瓊，驅逐軍閥鄧本殷出瓊，廢善後處，澄邁縣隸屬瓊崖行政區委員會。同年11月，隸屬瓊崖行政視察專員公署。民國十七年（1928年）3月，隸屬廣東省南區善後委員公署。民國二十壹年（1932年）3月，隸屬廣東省瓊崖特別區行政長官公署。7月，又隸瓊崖綏靖委員公署。8月，澄邁縣公署改稱澄邁縣政府。民國三十五年（1936年）7月，隸屬廣東省第九區行政督察專員公署。民國二十八年（1939年）2月，隸屬瓊崖戰時黨政處，為廣東省政府派出機關。12月，隸屬廣東省第九區行政督察專員公署。民國三十四年（1945年）9月，隸屬廣東省第九區行政督察專員兼保安司令公署。民國三十五年（1946年）1月，隸屬廣東省政府主席瓊崖辦公處。民國三十六年（1947年）11月，隸屬廣東省第九區行政督察專員公署。民國三十八年（1949年）1月21日，隸屬海南特別行政區。同年4月，隸屬海南特別行政區行政長官公署。同年5月，中國國民黨領導的海南各級政權全部解體。
1950年4月22日，澄邁縣解放。中***澄邁縣委員會、澄邁縣人民政府從六芹山遷進縣城金江鎮，接管澄邁縣。同年5月26日，撤銷瓊崖臨時人民政府及瓊崖臨時人民政府西區專員公署，隸屬海南軍政委員會。1951年4月，隸屬海南軍政委員會西區辦事處和廣東省人民政府海南行政公署雙重領導。1953年下半年，海南軍政委員會停止行使職權。1958年12月1日，澄邁和臨高兩縣合並，初稱金江縣，縣治金江鎮。1959年3月22日（壹說1959年1月13日），正式改稱澄邁縣。1961年5月30日，恢復澄邁、臨高兩縣建置。1967年3月，隸屬廣東省海南地區軍事管制委員會。1968年4月，隸屬廣東省海南行政區革命委員會。1980年1月，隸屬廣東省海南行政區公署。1984年10月，隸屬廣東省海南行政區人民政府。1988年4月，海南建省，澄邁縣直隸海南省。1998年12月仍因之。