三國時期福州為東吳的造船中心之壹。晉太康年間晉安郡首位太守嚴高修築了福州子城，開鑿東湖、西湖以及運河（即今天的晉安河），奠定了後世福州城的雛形。308年（永嘉二年），亦即“五胡亂華”之際，晉安郡成為八姓入閩的中原漢人移民重要定居地。
隋唐時期，福建的政治經濟中心從閩北轉移到了福州壹帶。725年（唐開元十三年），原閩州改名為福州，福州之名肇始。中唐以後，福州的經濟和文化教育大幅進步。中晚唐中原動蕩，北方漢人持續移民入閩。879年，福州城壹度被黃巢軍隊攻占。893年（景福元年）王潮、王審知的光、壽州軍占領了福州，並以福州為據點統壹了福建，開創閩國，並帶來中原移民潮，被稱作“十八姓從王”。
909年（開平三年），王審知建立閩國、定都福州。945年閩國被南唐所滅，947年吳越擊敗軍閥李弘義而控制了福州，直至978年北宋吞並吳越、占領福州為止。福州城在五代非常繁榮，城池的擴建將烏山、於山、屏山圈入城內，從此福州也得名“三山”。此時的佛教在福州的發展也很迅速，中國南方現存最早的木構建築—華林寺大殿就建於這壹時期。福州族群也在隋唐五代時期逐漸形成。