印度尼西亞約有300多個民族，其中大約99%的居民為蒙古人種（即黃種人），極少數是棕種人，壹般分布在該國的最東部和巴布亞新幾內亞接壤的地方。大多數印度尼西亞人為南島語族後裔，所使用的語言可追溯至發源於臺 灣的原始南島語系，另壹個較大族群為美拉尼西亞人，居住於印度尼西亞東部。
爪哇族為最大族群，占印度尼西亞42%的人口，巽他族、馬都拉族及馬來族為最大的非爪哇族群，印度尼西亞華人僅占約3-4%的人口。馬來族雖然人數不多，但是分布最廣泛，在蘇門答臘東部沿海，加裏曼丹島沿海以及兩島之間的海上各島都有馬來族居住。
除新幾內亞島上的部分民族外，如今印尼的絕大多數民族都是外來移民的後代。最早來到印尼的移民是維達人（南亞斯裏蘭卡的少 數民 族），他們大概在第四紀冰河時代遷徙至印尼群島。在公元前1500年左右，大批亞洲大陸南部的蒙古利亞族群遷徙至印尼群島，這些民族被稱為原始馬來人，他們定居在沿海地帶，並將維達人排擠到深山內地。現代蘇門答臘的巴達克族、加裏曼丹的達雅族和蘇拉威西的托拉查族都是原始馬來人的後裔。公元前300—前200年間，從亞洲大陸南部又來了壹批移民。考古學家將他們稱作新馬來人，其身材特征和原始馬來人相同。他們在印尼群島定居後，同化融合了壹部分原始馬來人，並將另壹部分排擠至內地。如今爪哇族、巽他族、馬都拉族、巴厘族、馬來族等民族都是新馬來人的後代。