塔薩達勇敢的自我犧牲雖然摧毀了主宰，但無數剩余的蟲族仍在艾爾星球上肆虐，並大有吞沒殘存神族的可能。澤拉圖將黑暗聖堂武士自建的家園，夏庫拉斯行星開放給自己的同胞作為避難所。執行官亞坦尼斯同秘密議會中幸存的成員艱難地決定攜手，他們***同的目標就是盡可能地拯救更多的神族。
吉姆雷諾的部隊和神族殺出壹條血路，來到了古老的薩爾納加空間之門，通過這個遠古遺跡，澤拉圖打開了通往夏庫拉斯星球的另壹條通道。戰鬥中，雷諾和壹部分的神族脫離了主要隊伍，幸好亞坦尼斯和澤拉圖還是帶領著大部分神族通過空間之門安全抵達了夏庫拉斯星球。
但他們發現，壹部分蟲族也尾隨他們穿過了傳送門。剛剛撤離出來的難民和黑暗聖堂武士們聯合起來對抗入侵者。與此同時，雷諾的部隊和少量的神族選擇了留在艾爾星球上，並關閉那裏的空間之門，確保不會有更多的蟲族入侵夏庫拉斯星球。由於無路可退，這支勇敢的部隊註定將遭受被毀滅的命運。
脆弱的同盟
悲痛的黑暗聖堂武士將諸位訪客引薦給了夏庫拉斯的長者，女族長芮澤格爾。神族當前的首要任務就是消滅橫行在夏庫拉斯星球上的蟲族。芮澤格爾宣稱在星球上的壹處薩爾納加聖殿能夠凈化這個世界，但啟動它需要兩枚水晶體，卡利斯和烏拉，可是這兩枚水晶石很久以前就不知去向了。
凱莉根意外地出現，她告訴謹慎的神族隨著主宰的滅亡，她已經不再是那個冷血的屠殺機器了。但殘存的腦蟲已經開始融合，意圖創造壹個新的主宰以便快速控制整個蟲族種群並將凱莉根重新轉化成主宰的爪牙。
凱莉根提出願意幫助取回卡利斯和烏拉水晶體，芮澤格爾不顧亞坦尼斯和澤拉圖的反對，接受了她的幫助。神族戰士和凱莉根首先出發前往布萊西斯星球，並在那裏成功的找到了烏拉水晶。在途中，他們遭遇了自稱是地球聯合理事會（UED）的陌生人類部隊。神族拒絕投降且擺脫了 UED 的追捕。
回收水晶體任務的下壹站是查爾星球，卡利斯水晶體位於新主宰生長的危險地帶。在壹場與蟲族新生主宰展開的時間競賽中，他們成功取回了卡利斯水晶體，返回了夏庫拉斯。
夏庫拉斯的悲劇
在星球上，壹些來自艾爾的難民倒戈對抗他們的黑暗聖堂武士盟友。已經備受困擾的芮澤格爾無心交涉，下令黑暗聖堂武士清除反對的聲音。澤拉圖對此感到左右為難，但他同他的戰士們還是執行了命令。叛亂被平息後，黑暗聖堂武士要求叛軍的首領投降，但卻遭到了拒絕，叛軍宣稱其他神族已經註定要遭到毀滅，而芮澤格爾壹定藏有不可告人的秘密。
沒等叛軍首領進壹步說出自己的理由，凱莉根和她的蟲族爪牙們就殘忍地殺害了他。澤拉圖憤怒地命令凱莉根離開夏庫拉斯。她欣然接受，並告訴他這次連手已經幫助她完成了自己的目標。腦蟲始終拒絕服從她的領導，而如今黑暗聖堂武士已經幫助她消滅了所有腦蟲。
神族只有釋放薩爾納加聖殿的強大力量才能阻止蟲族毀滅壹切，即使明知這樣做會進壹步幫助凱莉根，但別無選擇的神族也只好照計劃進行。亞坦尼斯和澤拉圖攜帶著水晶體來到了聖堂的頂峰，啟動聖堂的巨大能量消滅了夏庫拉斯上所有的蟲族。
發現幽能幹擾器
地球聯合理事會長期以來壹直密切監視著克普魯星區人類移民地。隨著神族和蟲族的先後出現，地球聯合理事會中的管理階層認為重新統治遠方同族的時機已經成熟。
地球聯合理事會派出了壹支由杜加爾上將率領的遠征艦隊。他的使命是推翻泰倫自治聯盟的政權並捕捉新生的主宰。首先，在薩米爾杜蘭和他的聯邦抵抗軍的協助下，地球聯合理事會艦隊拿下了布萊西斯星球作為停留與補給點。杜加爾的戰術顧問斯杜科夫中將在此收編了杜蘭的部隊。
下壹步，杜加爾對達拉瑞恩船塢進行了突襲，奪取了許多停靠在那裏的自治聯盟戰巡艦。由埃德蒙杜克將軍率領的聯盟援軍雖然及時趕到，但終究因為寡不敵眾而被迫撤退。取得勝利的地球聯合理事會毀掉了船塢，並征召了殘存的達拉瑞恩防衛人員。
地球聯合理事會在塔桑尼斯星球上發現了壹個秘密武器：幽能幹擾器，可以用來阻斷蟲族的通訊。如果自治聯盟控制這個武器，地球聯合理事會將無法按計劃對蟲族進行利用。因此，杜蘭提議摧毀這個武器，而杜加爾則無視斯杜科夫的壹再反對，同意了這個提議。
杜蘭協同地球聯合理事會軍取得了幽能幹擾器，但數名地球聯合理事會幽靈特務趕到並聲稱斯杜科夫已經命令他們拆除該項設備。杜蘭別無選擇，只能將幹擾器交給他們。
斯杜科夫的挑戰
地球聯合理事會艦隊向自治聯盟的首府克哈四號星球進軍。在襲擊克哈星首都奧格斯葛雷德的作戰中，杜加爾的艦隊最終包圍了蒙斯克的殘余部隊。就在地球聯合理事會部隊準備逮捕被廢黜的帝王時，吉姆雷諾乘坐蒙斯克的舊指揮艦海伯利昂號同壹小隊神族趕到。雷諾、他的神族盟友和蒙斯克攜手逃出了包圍，地球聯合理事會隨後展開了激烈的追擊。
雷諾和蒙斯克來到了艾爾星球，準備通過空間之門撤離，地球聯合理事會跟蹤他們相繼而至。傳送門的能量引來了周圍蟲族的攻擊，就在這時，斯杜科夫吃驚地發現杜蘭的部隊撤離了戰場，這使地球聯合理事會部隊直接暴露在蟲族的攻勢下。斯杜科夫無法同時抵擋蟲族和抓捕蒙斯克，只好命令部隊撤退。斯杜科夫本人卻意外地去到了布萊西斯星球。
杜加爾接到雷諾和蒙斯克逃離，以及斯杜科夫在艾爾星球放棄戰鬥的消息後感到十分迷惑。當地球聯合理事會偵測到布萊西斯星球上出現幽能幹擾器時，杜蘭斷言斯杜科夫重新制造了塔桑尼斯星球上的那種設備，目的是為了破壞地球聯合理事會的計劃。面對這樣的情況，杜加爾只有下令杜蘭找到並處決斯杜科夫。
杜蘭射傷了斯杜科夫後隨即溜走，傷勢嚴重的斯杜科夫告訴杜加爾，杜蘭才是真正的叛徒，並且很有可能已經被蟲族感染。是杜蘭放走了蒙斯克和雷諾，並建議毀掉幽能幹擾器，而斯杜科夫之所以重新組裝起幹擾器，是因為他堅信這個設備是將人類從蟲族侵略中拯救出來的關鍵。
斯杜科夫的話說服了杜加爾，他在布萊西斯設立了要塞，隨後率領地球聯合理事會艦隊前往查爾星球。地球聯合理事會部隊突破了新主宰的防線，並對其註射了神經控制劑，以便實施控制。
控制蟲群
控制劑開始逐漸起效，這時杜蘭和刀鋒女皇突然出現在地球聯合理事會面前。凱莉根介紹說自己是蟲族的領袖，並且杜蘭也確實已被感染。杜加爾威脅要用幽能幹擾器破壞她對蟲族的控制，但凱莉根表示她會摧毀這個武器。她對杜加爾處決斯杜科夫表示了謝意，然後便離開了。壹部分裏，Arcturus是個7歲的小孩，經常自作聰明，而且對父親有壹種強烈的叛逆心理。Angus希望Arcturus能成為自己的繼承者，但Arcturus對政治毫無興趣，只想成為壹個勘探家。在第壹部分開頭，Arcturus悄悄溜到自家別墅，僅僅是為了激怒父親，並證明自己能戰勝保安系統。然而，與此同時聯邦對這個家族進行了刺殺，在家族保安負責人Achton Feld的幫助下，蒙斯克壹家才勉強死裏逃生。Angus 和 Ailin Pasteur（Umoja的領導者）在壹起商量，對聯邦日益加重的壓迫進行反抗。Angus激動的喊道，只要Old Family繼續操控著聯邦政府，腐敗就不會停止消除。Ailin同意對 Angus的恐怖活動進行秘密資助，但不會公開支持。當Angus逮到Arcturus的秘密潛入時，他向兒子解釋了將要發生的事情，將其視為成年人對待。但Arcturus不停的說他無法理解為何父親要殺人，Angus只能繼續將他視為壹個孩子。在襲擊中，Arcturus遇見了 Ailin的女兒Juliana，並向其求婚。當聯邦陸戰隊軍團訪問Arcturus的學院時，Arcturus興起了拓展自己的勘探經驗，同時去感受銀河的吸引力的想法，最終同軍團簽約服役。在Angus向Korhal的參議員們發表解散議會的演說那天，Arcturus向母親展示了服役協定，在父親的演說中離開了禮堂，只剩下母親在身後低聲哭泣。
第二部分的題目是“Arcturus”。這部分從Arcturus服役1年成為陸軍中尉後開始，半年後，他參與了同中隊的第壹次戰鬥任務，他把自己的中隊稱為“Dominion Section”。在數年前的學院裏認識的上尉Angelina Emillian的命令下，Dominion Section中隊的任務是打擊非法采礦行動，並為聯邦奪取礦區的控制權。Emillian負傷時，Arcturus接管了攻擊行動，並成功迫使非法采礦者投降，雖然聯邦軍隊有壹些人員傷亡。而當Arcturus發現采礦者對該地區的采礦要求是合法行為後，他發言認為該保護采礦者，但是Emillin命令他服從命令禁聲。此後類似的情況出現多次。Arcturus開始進行勘探行動，視察戰鬥後聯邦派出的采礦小組。Arcturus返回了Korhal看望家庭，但是氣氛仍舊緊張。在同父親的壹次午夜爭吵後他走出了家門。Arcturus同Juliana約會，兩人圓滿了彼此間的關系讀者自行想像。之後Arcturus晉升為上尉，被指配在指揮官Edmund Duke手下做事。而Dominion Section在戰場的表現令Edmund Duke很滿意，被編入阿爾法中隊，對此Arcturus毫不在意。對Kel-Morian采礦行動的攻擊非常糟糕，以至於出動了重型火力，最後戰列巡洋艦出場支援Kel-Morian。Arcturus和Duke被迫撤退，Guild War從此爆發。數年後，Arcturus已經20多歲快30歲了，他不再相信聯邦的戰爭理由，辭職後開始了自己的個人勘探活動。當Arcturus發現了壹片富礦，足夠闊綽的度過余生時，Ailin Pasteur聯系到了他，催促他回到了Umoja，Arcturus再次遇見了Juliana,以及他7歲的兒子，Valerian。
最後壹部分名為“Valerian”。Arcturus被自己有個兒子的事實震驚了，並同Juliana發生了爭吵。但最終還是承擔了父親的責任，不再認為父親這個角色沒有吸引力。Alilin也告訴了Arcturus他的父親在Korhal惹上了麻煩，破壞了聯邦法律之後，行星實際上被置於戰時法律下。Arcturus同兒子Valerian度過壹段時光，雖然他認為這孩子的興趣與他眼光裏的正常孩子不同。雖然Arcturus假裝喜歡Valerian的興趣，但是有壹次他讓Valerian用步槍射擊時，Valerian發生了意外，擊傷了自己。Arcturus同Juliana再次爭吵，Arcturus說Valerian是個“書呆子，軟弱的娘娘腔”，而Juliana則說Arcturus和當年Angus壹樣粗暴。吵架被壹份來自Achton Feld的實時通訊中斷，這份通訊告訴Arcturus，他的家族都已遇害。Arcturus發誓他要將聯邦化為灰燼，並告訴Juliana和Valerian讓他們在被聯邦盯上前趕緊逃離。Valerian和母親輾轉流離，同時Arcturus組建了Korhal之子反抗聯邦政府。Vakerian視自己的父親為偶像，並不斷鍛煉、進行戰鬥訓練，決心不負Mengsk家族之名。而之後，Kirhal被摧毀，隨著年齡增長，Valerian理想化的Arcturus也漸漸褪去。他的母親患上癌癥，慢慢死去。在此之後Mengsk找到了他們。雖然此時Valerian還在為母親去世時Mengsk不在她身邊，以及當年害得他們在聯邦逃難之事耿耿於懷。Arcturus向兒子承認自己犯了錯，並說自己的兒子已經可以繼承他的名字。他希望Valerian能繼承他的事業。而當Valerian問Arcturus，如果他不打算繼承Arcturus會怎麽樣。Arcturus的回答和他父親當年壹樣。 聯邦政府垮臺後，Arcturus重新找回Valerian 和Juliana，在Umoja行星，Ailin Pasteu的照顧下生活。然而此時Samir Duran策劃 Angelina Emillian直接指揮了壹場針對他們的刺殺。這次攻擊和小說開頭那次刺殺壹樣，Arcturus壹家死裏逃生。Arcturus幹掉了Emillian，Emillian在死前說UED會在她死後殺了他，雖然此時Arcturus還不知道UED代表什麽。小說的後部分， Juliana的葬禮上Arcturus壹言不發，而Valerian也沒有問壹個字。葬禮後父子倆喝了壹杯，Arcturus對Valerian說自己以他為傲，而Valerian卻告訴他自己不會活在Arcturus的影子之下。Arcturus說他沒有這麽指望過，他們之間的談話讓他想起了自己以前和 Angus的關系。Arcturus說命運讓他們不斷重復父輩的錯誤，而Valerian說他不會再重復Arcturus人生的錯誤。Arcturus表示同意，並說