軍入關後，於清朝初年，在東北設置了盛京將軍、寧古塔（吉林）將軍和黑龍江將軍，三將軍的轄區在管理方式、行政制度及土地占有形式方面有別於中原地區。多爾袞就在1644年下令嚴令禁止漢人進入滿洲“龍興之地”墾殖。這就是“禁關令”。雖然清朝於1692年開始向東北地區派遣八旗及漢軍移民，但清初滿洲人傾族入關後東北人口更加稀少，清朝統治者視東北為“祖宗肇跡興王之所”，借口保護“參山珠河之利”，長期對東北實行封禁政策。與“禁關令”相關的詞匯除了“禁關令”外，還有兩個：“柳條邊”和“闖關東”。為了嚴格執行“禁關令”，從順治年間開始，清朝政府不惜代價於東北境內分段修築了壹千多公裏名為“柳條邊”的籬笆墻，也稱柳條邊墻、柳墻、柳城、條子邊，至康熙中期完成。從山海關經開原、新賓至鳳城南的柳條邊為“老邊”；自開原東北至至今吉林市北的為“新邊”。邊墻以東的滿洲嚴禁越界墾殖，邊墻以西則作為清朝的同盟者蒙古貴族的駐牧地。清朝對東北的封禁造成了東北人口稀薄，最終為俄國對中國東北的蠶食創造了有利的條件。晚清邊疆危機日甚，清朝被迫開放邊禁，采取“移民實邊”的政策。1861年至1880年代陸續開放了吉林圍場、阿勒楚喀圍場、大淩河牧場等官地和旗地。1882年（光緒八年）首先在吉林招墾，設立琿春招墾總局，此後又開放了黑龍江地區的土地開墾。並且在1907年，清廷裁撤盛京、寧古塔、黑龍江三將軍，改置奉天、吉林、黑龍江三省，設巡撫，並設東三省總督。