建立和完善生態補償機制，必須認真落實科學發展觀，以統籌區域協調發展為主線，以制度創新、政策創新和管理創新為動力，堅持“誰開發誰保護、誰受益誰補償”的原則，因地制宜選擇生態補償模式，不斷完善政府對生態補償的調控手段，充分發揮市場機制的作用，調動全社會的積極參與，逐步建立公平、公正、積極、有效的生態補償機制。逐步加大補償力度，努力實現生態補償的法制化、規範化，推動各地區走上生產發展、生活富裕、生態良好的文明發展之路。
加快建立環境金融
把環境財政作為公共財政的重要組成部分，在財政轉移支付中加大生態補償力度。中央和省級財政設立生態建設專項資金要納入財政預算，地方財政也要加大對生態補償和生態環境保護的支持力度。為了擴大資金來源，還可以發行生態補償基金彩票。按照完善生態補償機制的要求，進壹步調整和優化財政支出結構。資金的安排和使用要向欠發達地區、重要生態功能區、水系源頭區和自然保護區傾斜，優先支持生態環境保護效果明顯的區域和流域重點環保項目，加大對區域和流域汙染防治以及汙染防治新技術、新工藝開發應用的資金支持。重點支持礦山生態環境治理，推進礦山生態修復與土地整理相結合，實現生態治理與土地資源開發的良性循環。采取“以能解困”等措施，通過資金援助或實物補貼等方式，大力支持沼氣、風能、太陽能等非植物可再生燃料能源的開發利用，確保“退柴還草”，解決農村特別是西部地區的燃料能源問題。
還應積極探索區域生態補償方式，從制度和政策上為異地欠發達地區的發展創造有利條件。加大生態扶貧政策支持力度，加強生態移民轉移就業培訓，加快農民脫貧致富進程。
進壹步加大支持西部地區改善發展環境、加快經濟社會發展的力度。支持西部地區特別是重要生態功能區加快轉變經濟增長方式，調整優化經濟結構，發展替代產業和特色產業，大力推行清潔生產，發展循環經濟，發展生態友好型產業，積極構建符合生態環境保護要求的生產力布局，促進區域間產業梯度轉移和要素合理流動，推動西部地區加快發展。這是西部生態建設的根本保證。
完善稅收政策
增加生態補償稅，開征新的環境稅，調整完善現行資源稅。將資源稅征收對象擴大到礦產資源和非礦產資源，增加水資源稅，開征森林資源稅和草原資源稅，將現行資源稅由應稅資源銷售量改為實際銷項稅，對不可再生和稀缺資源征收重稅。通過稅收杠桿把資源的開發利用與促進生態環境保護結合起來，提高資源的開發利用率。同時，加強資源費的征收、使用和管理，增強其生態補償功能。進壹步完善水、土地、礦產、森林、環境等資源稅費征收使用管理辦法，提高各類資源稅費使用中的生態補償比例，向欠發達地區、重要生態功能區、水系源頭區和自然保護區傾斜。
3.建立以政府投入為主、全社會支持生態環境建設的投融資體系。建立和完善生態補償投融資體系，既要堅持政府主導，努力增加公共財政對生態補償的投入，又要積極引導社會各界參與，探索多渠道、多形式的生態補償方式，拓寬生態補償市場化、社會化運作方式，形成多方同步發展、共同努力的局面。逐步建立政府引導、市場推動、社會參與的生態補償和生態建設投融資機制，積極引導國內外資金投入生態建設和環境保護。按照“誰投資誰受益”的原則，支持和鼓勵社會資金參與生態建設和環境汙染治理。積極探索生態建設、環境汙染治理和城鄉土地開發相結合的有效途徑，在土地開發中積累生態環境保護資金。積極利用國債、開發貸款、國際組織和外國政府貸款或贈款，努力形成多元化資金格局。
探索市場化模式
引導社會各界參與環境保護和生態建設。培育資源市場，開放要素市場，將資源和生態資本化，使環境要素價格真正反映其稀缺性，可以達到節約資源和減少汙染的雙重效果，積極探索資源使用權、排汙權交易等市場化補償模式。完善水資源合理配置和有償使用制度，加快建立水資源出讓、轉讓和租賃交易機制。探索建立區域內汙染物排放指標有償分配機制，逐步實行政府管制下的排汙權交易，運用市場機制降低治汙成本，提高治汙效率。引導和鼓勵生態環境保護者和受益者自願協商合理的生態補償。
提供科學和理論支持
建立和完善生態補償機制是壹項復雜的系統工程，還有許多重大問題需要深入研究，為建立和完善生態補償機制提供科學依據。例如，要探索和加快建立資源環境價值評價體系和生態環境保護標準體系，建立自然資源和生態環境統計監測指標體系和“綠色GDP”核算體系，研究制定自然資源和生態環境價值量化評價方法，研究提出資源消耗和環境損失評價方法，單位產值能耗、資源消耗和“三廢”排放總量等統計指標，以彰顯生態補償機制的經濟性。還要努力提高生態修復和建設的技術創新能力，大力開發利用生態建設新技術、環境保護新技術和新能源技術，為生態保護和建設提供技術支撐。
加強立法工作
環境財稅政策的穩定實施，生態工程建設的順利進行，生態環境治理的有效開展，都必須有法律保障。因此，有必要加強生態補償立法，從法律上明確生態補償的責任和各類生態主體的義務，為生態補償機制的規範運行提供法律依據。盡快制定西部地區可持續發展法和環境保護法，統籌生態、經濟和社會協調發展的戰略部署，對西部地區的生態環境建設作出科學、系統的安排。同時，修改環境保護法，使其更加重視農村生態環境建設；完善環境汙染治理法律法規，逐步將生態補償納入法制化軌道。