成立之初，稱為省移民辦、省移民局，直屬原省人民委員會，以後隨著丹江口水庫移民大搬遷結束，在壹個較長的時間裏，改為壹個處，隸屬省民政廳，對外則以省移民辦的名義協調水庫移民方面的工作。
1993年三峽工程動工以後，省委、省政府高度重視移民工作，決定在原民政廳移民處的基礎上組建湖北省三峽工程移民開發局，同時掛湖北省移民開發局的牌子，其機構性質為依照公務員管理、具有行政職能的副廳級事業單位，為省財政全額撥款。作為三峽工程移民局，對口國務院三峽工程建設委員會有關部門，負責我省三峽工程壩區、庫區移民工作，作為湖北省移民局，對口水利部、國務院南水北調工程建設委員會、國家計委等，負責部管大型水庫移民工作。
2002年11月，省委、省政府為加強對移民工作的領導，決定將省移民局由省民政廳管理調整為省政府直屬。2006年5月省委、省政府決定，將省移民局升為省政府直屬正廳級事業單位，原由省水利廳、省發改委等部門承擔的中小水庫87.7萬移民管理工作職能交由省移民局統壹管理。