到了明朝，大批叛軍和回民開始向南海(即馬來群島)遷移。由於對明朝的巨大貢獻，鄭和多次留在拉曼嘎，後來又把拉曼嘎、巨港、泗水建成他船隊的大本營，還安置了幾個回民做地方首領。巨港有石金清，泗水也有幾個。蘇南·安佩爾、蘇南·博南、蘇南·卡利加嘎、蘇南·古農加提、蘇南·吉裏等。他們被尊稱為爪哇的“瓦利·阿桑”，還有壹個頗具爭議的人物，八裏米蘇拉和曼拉賈的國王。據說，盡管他接受了伊斯坎達爾·沙阿的波斯伊斯蘭頭銜，但他沒有回去。至今，馬六甲仍有大量與鄭和回民有關的遺跡。據《明史》325卷記載，鄭和曾護送國王拉曼嘎、蘇米臘等壹大批大明人員，計500人，在拉曼嘎定居。同時，伊斯蘭海上貿易的蓬勃發展也促使回民和唐人在曼拉賈的活動日益增多。
馬拉加蘇丹國作為壹個國際貿易港口的成功也導致了許多鄰國統治者信仰的改變，從印度教混合佛教的傳統信仰轉變為伊斯蘭教。1961年，著名伊斯蘭學者哈姆加長老明確寫下了壹句發人深省的名言:“印尼和馬來西亞伊斯蘭教的發展與中國壹位虔誠的穆斯林息息相關，他就是鄭和將軍。”
壹部分唐人由於與當地人通婚，開始定居曼拉賈，接受同化，繁衍生息。此時，唐人開始在曼茹阿佳形成聚居地，成為形成曼茹阿佳的重要民族。大明衰弱後，這些異族通婚的唐人後代因為交通不便，加上大明的閉關鎖國政策，開始疏遠祖國。在與當地文化交融的條件下，他們逐漸形成了壹個新的民族——娘惹巴巴。念雅觀的母語從方言(主要是明朝的方言，即福建話)逐漸轉變為混合方言和馬來語念雅觀閩南語，但仍保留著明朝的各種習俗和儀式。
清朝時期，許多不願投降的反清義士也逃到了南海壹代。但清朝時期，大量移民在鴉片戰爭後開始向馬來西亞各地遷移。當時清朝戰敗，中英簽訂《南京條約》，承認人民在海外謀生的權利。當時，由於大英帝國開發馬來亞半島需要大量人力資源，大量清朝的工人(或苦力)被輸入馬來亞半島，成為礦工和種植園主。汽船使用後，清南來的人數急劇上升。此時，來自清朝的移民數量已大大超過早期娘惹，因此被早期定居者稱為“新訪客”。這壹時期，馬來半島的人口男女比例嚴重失衡。這是因為工人們有著強烈的僑鄉意識，他們大多不打算扶老攜幼定居馬來亞，而是希望賺到足夠的錢回到家鄉。
1929年，世界經濟大蕭條開始，大英帝國停止從中國輸入勞工。此時華人女性人口開始大量移民馬來西亞，男女比例結構趨於平衡。1949年中華人民共和國成立後，由於資本世界和生產世界的敵對，馬來亞也面臨馬來西亞的挑戰，中國向馬來西亞的移民基本停止。從那以後，馬來亞華人人口完全依靠自然增長，而不是移民。孫中山先生於19101期間在馬來亞檳城召開會議，討論廣州三·二九起義(史稱黃花崗起義)。在這次起義中死亡的29名中國人來自新加坡、馬來亞、越南、印度尼西亞等國家和地區。年齡最大的是52歲的越南華僑羅蓮，最小的是出生在霹靂州的余東祥，年齡18。在這些烈士中，有15名工人，3名商人，其余是學生、記者、教師和傳教士。可以考證李炳輝，又名祖逵，馬來亞人:1。早年，他住在霹靂州，在教會設立的學校學習英語。後來，他被送到馬六甲的壹所學校，分配到新加坡基督教長老會傳教。20歲時，他路過香港，收到母親的壹封信，勸他不要冒險，但他寫了壹首詩。起義時與黃興襲擊兩廣總督衙門，死於高帝街。
2.李宛，廣東雲浮人，(1874-1911)，吉隆坡的裁縫工人，為了參加廣州起義，賣掉了自己的自行車作旅費。在攻打巡撫衙門的戰鬥中，他舉旗沖鋒，中彈身亡。
3.李雁南，廣東開平人，早年生活在馬來亞和緬甸。在戰鬥中受傷後，他被逮捕並被送上了刑場。
4.羅忠火，廣東惠陽人，(1881-1911)。名強，字君1906(光緒三十二年)畢業於檳城師範。他幫助籌辦了吉隆坡尊孔學校和荷蘭(今印度尼西亞棉蘭)活水山中文學校，並擔任這兩所學校的校長和當地報紙的總編輯。
5.俞東祥，祖籍南海，(1894-1911)出生於霹靂州邊境，191年初回國參加起義。他和羅忠火還有何壹起侵入了巡撫衙門。
6.郭繼美，廣東增城人，(1892-1911)，馬來亞霹靂州烏邊人。他生前是壹名礦工。19歲時，郭繼美和於東祥是生死之交，壹起練武打獵。黃花崗起義失敗後，吳邊富商余東旋照顧郭繼美和余東祥的家人，分別安置在吳邊街400號和404號。據報道，郭和於都沒有留下後代，他們的家人最終下落不明。。
新加坡孫中山先生的孫中山先生的中山花園孫中山南洋紀念館門口，有四尊黃花崗烈士銅像。其中兩個是持刀持槍的郭繼梅和於東祥。盡管《中華人民共和國國籍法》已將在海外出生的中華民族後裔和歸化他國的人界定為非中國公民和非華僑，且中華人民共和國不承認雙重國籍，但中國仍將馬來西亞華人誤稱為“馬來西亞華僑”、“馬來西亞華僑”、“馬來西亞華僑”。(需要註意的是，“華僑”的權利是受《中華人民共和國憲法》明文保護的，而馬來西亞華人屬於馬來西亞公民，不受《中華人民共和國憲法》明文保護。)