村莊由來建村年代不詳。相傳為唐朝移民到此定居，因地處膠城至萊州府之古道，前以開店為業，稱為店子，後商旅往來隔河發展成為二村，此為南店子。
政區人口
位於膠萊鎮駐地北稍東1.5公裏處，西與大趙家交界，東與陳家閘子為鄰，南與北王珠接壤，北隔膠萊河與北店子相望。全村占地1400畝左右。2005年底，全村***有148戶，493人。
經濟狀況2005年，糧食總產量351噸，每公頃產量5200公斤，農村經濟總收入261.5萬元，人均純收入3705.9元。全村有50至70馬力拖拉機兩臺，聯合收割機壹臺，小型拖拉機四臺，中型拖拉機壹臺，汽車兩臺，農業機械總動力達480千瓦。
村莊建設改革開放後，廣大村民都遷居新村，並且各戶都蓋起了磚石結構的寬敞新房。
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南店子村與北王珠村、東嶺村、中王珠村、大趙家村、西嶺村、南王珠村、辛莊村、前韓哥莊村、後韓哥莊村、大回村、小回村、姜家街村、十五畝地村、小高戚家村相鄰。
南店子村附近有馬店磚塔、閘子集橋、膠萊水閘大橋、東王延莊遺址、膠州膠萊運河、齊家口子橋等旅遊景點，有膠州大白菜、裏岔黑豬、膠北西紅柿、柳溝小米、和睦屯西瓜等特產。