第十六條 國務院南水北調工程建設委員會辦公室（以下簡稱國務院南水北調辦）與有關省級人民政府簽訂征地補償和移民安置責任書。根據安置責任書和移民安置規劃，項目法人與省級主管部門簽訂征地補償、移民安置投資和任務包幹協議。
第十七條 省級主管部門依據移民安置規劃，會同縣級人民政府和項目法人編制移民安置實施方案，經省級人民政府批準後實施，同時報國務院南水北調辦備案。
第十八條 實施階段的農村移民安置設計，由省級主管部門采取招標方式確定設計單位。城（集）鎮、企事業單位、專項設施遷建、庫區防護工程的設計，由組織實施單位負責；文物保護方案的設計，按照有關法律法規確定責任單位。上述設計應嚴格控制在批準的初步設計範圍內。
第十九條 根據國家確定的投資規模和項目法人提出的工程建設和移民任務，省級主管部門商項目法人組織編制征地補償和移民安置計劃，項目法人編制中央和軍隊所屬的工業企業、專項設施遷建的計劃，報國務院南水北調辦核定。
第二十條 項目法人按照下達的征地補償和移民安置計劃，根據工作進度及時將資金撥付給省級主管部門、中央和軍隊所屬工業企業和專項設施遷建的實施單位。征地補償和移民安置資金必須專賬管理、專款專用。
第二十壹條 農村征地補償和移民安置計劃，由縣級人民政府負責組織實施。農村移民安置點的道路、供水、供電、文教、衛生等基礎設施的建設和宅基地布置，應按照批準的村鎮規劃，由鄉（鎮）、村組織實施。農村移民住房可根據規劃由移民自主建造，不得強行規定建房標準。要按照移民安置規劃將被占地農戶和農村移民的生產用地落實到位，並簽訂土地承包合同。
第二十二條 城（集）鎮、企事業單位、專項設施的遷建和庫區防護工程的建設應嚴格履行基本建設管理規定，並根據計劃安排及相應行業規程、規範組織實施。城（集）鎮遷建由縣級人民政府組織實施。地方所屬的企事業單位或專項設施的遷建，由省級或省級以下主管部門與企業法人或主管單位簽訂遷建協議；中央和軍隊所屬的工業企業或專項設施的遷建，由項目法人與企業法人或主管單位簽訂遷建協議。庫區防護工程由項目法人負責實施。
第二十三條 省級主管部門與省級文物主管部門簽訂工作協議，按照協議組織實施文物保護方案。省級文物主管部門組織編制文物保護計劃並納入征地補償和移民安置計劃。在工程建設過程中新發現的文物，按照有關法律規定處理。
第二十四條 省級以下各級主管部門應及時統計計劃執行情況，逐級定期報送給上壹級主管部門。省級主管部門負責匯總統計資料並報國務院南水北調辦，同時抄送項目法人。
第二十五條 項目法人和各級主管部門應按照國家有關規定建立健全征地補償和移民安置檔案，確保檔案資料的完整、準確和安全。縣級主管部門按照壹戶壹卡建立移民戶卡檔案。企業法人或主管單位應將遷建的企事業單位或專項設施的設計、實施、驗收等報告及時提交給與其簽訂遷建協議的項目法人或主管部門存檔。省級文物主管部門應組織建立考古發掘和文物遷建檔案，並將有關資料整理公布。
第二十六條 縣級以上地方人民政府要采取切實措施，使被征地農民生活水平不因征地而降低。農村移民按照規劃搬遷安置後，生產生活水平低於搬遷前水平的，應通過後期扶持，使其達到搬遷前水平。