三峽工程動土興建，縣城東遷茅坪，縣政府的高中進城決策，給秭歸二中帶來了千載難逢的機遇和廣闊的發展空間。二中人抓住這壹歷史機遇，克難奮進，歷盡艱辛，譜寫出二中辦校史上最光輝的壹頁。
1996年10月，秭歸二中在新縣城西北隅爭取到壹席之地，遷建工作進入籌備階段。按照政府規劃，學校的規模是24個教學班，校園占地面積為36000平方米，校舍建築面積12539平方米，按“1993定額”計算，總投資需1235.6萬元，而移民補償僅200.04萬元，資金缺口高達1035.56萬元。
1997年9月18日，“秭機編[1997]21號文”同意將“縣二中”與“縣太坪高中”合並遷至新縣城，定名為“秭歸縣第二高級中學”，未遷之前按壹校兩個教學點模式運行，學校招收新生6個班。
1997年10月13日，秭歸二中新校奠基，學校雖屬二期移民，卻要壹期搬遷，因此建校僅有10個月時間。歷經300天的日夜奮戰，壹所占地60畝，建築面積15803m2，總投資2100余萬元的新二中在新縣城的西北隅拔地而起。
師生們帶著對新校園的幢憬，積極醞釀搬遷計劃。不料，天公不作美，長江流域發生了百年未遇的大洪水，阻斷了至茅坪的唯壹通道，洪水沒有阻擋二中人的搬遷決心，運輸車輛繞道長陽而行，終於取得搬遷的最後勝利，1998年9月1日如期開學，該年招收新生8個班，464人，在校學生1022人，19個教學班，教職工89人。
搬遷後的二中抓住“普九”高峰的機遇，不斷擴大學校規模。
1999年9月，招收新生590人，在校學生1248人，22個教學班，教職工101人。
2000年9月，招收新生460人，在校學生1404人，25個教學班，教職工110人。
2001年9月，招收新生823人，在校學生1816人，28個教學班，教職工116人。
2002年9月，招收新生924人，在校學生2187人，33個教學班，教職工134人。
學校清醒認識到教育現代化的重要性，在還債的同時，積極籌措資金，加大教育投入，於1999年投資31.5萬元，建成語音室、微機室；2002年春，投資23.5萬元建成雙向視訊系統和低音廣播網。多媒體教室、電子備課間等正在籌建之中。圖書館、學生公寓也於2002年12月破土動工。
學校繼承原有的經驗和傳統，創造性開展工作，狠抓管理，深化內部改革，推行“校長負責制、崗位責任制、教師聘任制、結構工資制”的四制改革，激活教師的內在潛力。構建“決策層——管理層——執行層”三層管理體制，完善管理制度，真正做到以法治校、以德治校。
新學校、新管理、新氣象。
教育科研頻傳佳音，語文組《樹蕙》校刊聲名遠播，生化組《生化導學》備受學生歡迎。2000年5月，學校成功承辦宜昌市歷史創新教學研討會。2002年3月宜昌市高考政治備考會在二中召開，“高級中學教師創造性教學研究”的課題，於2002年6月獲省教育廳批準立項，並列為湖北教育科學“十五”規劃課題。
以美術為突破口，走“合格+特長”之路，特長教育已結豐碩成果。1997年4人全部上線，1998年杜江同學成為秭歸縣第壹個獲美術專業本科合格的考生，2000、2001年美術考生分別上線10人，2002年上線人數增至23人。
整體辦學效益迅速提升，教育質量大幅度提高，高考上省線人數壹路攀升。1998年上線1人，1999年上線8人，2000年突破個位數，上線42人，壹舉躍居宜昌市山區同類學校之首，2001年上線56人，2002年上線人數升至三位數，達到175人，至此，秭歸二中高考上線人數連續三年居宜昌市山區同類學校之首。2005年高考壹次上省線611人，其中上本科線425人，本科上線率達55%，實現了搬遷後六年六大步跨越。二中現任校長——向華，將帶領二中邁向更輝煌的明天！更加全面的貫徹科學發展觀！為了學生的壹切而拼搏！
回顧過去，豪情滿懷；展望未來，信心百倍。二中人將會以更加堅實的步伐，和著時代的旋律與時俱進，開拓創新，再鑄輝煌。