在2010年9月之前，香港及澳門合資格的居民（即在香港/澳門出生或曾以港澳居民身份赴臺）者，如要申請單次入臺證，需要先在相關網頁填寫資料，然後持收件編號、有效期六個月以上之香港特別行政區護照或英國國民（海外）護照及香港身分證/有效期六個月以上之澳門特別行政區護照或1999年前取得之葡萄牙護照及澳門身份證正本到中華旅行社，中華旅行社的香港國際機場辦事處/澳門臺北經濟文化中心領取臨時入境停留通知單。當時入臺證有效期為三個月，費用為港幣七十五元，可出入境兩次，每次停留三十天。只可在臺北桃園國際機場、高雄國際機場或臺中清泉崗機場出入境；預先辦理入臺證者，可以通過小三通或兩岸包機出入臺灣地區。
2010年9月起，港澳居民進行網上申請手續後，只要自行打印入境通知單即可，不需要付款及預先再到機場或相關單位領取入臺證，此舉幾乎等同於免簽證待遇。然而，如非合資格的港澳居民或申請其他種類的入臺證，仍然需要親身到臺北經濟文化辦事處（香港）/臺北經濟文化辦事處（澳門）辦理申請手續。現時經網上辦理入臺證的港澳居民，入臺證有效期為三個月，可以停留最多十五天，但只可以出入境壹次，之後要再重新在網上申請。而大陸居民赴臺旅行則由旅行社代辦，壹般為持大陸居民往來臺灣通行證離開大陸後在臺灣邊檢窗口領取證件，並配合大陸簽發的通行證壹並查驗。
辦理步驟
自參加旅遊之日起15個工作日前，將《申請表》送至當地公安局審核。
入臺證（多次）個資頁?[1]
除下列人員外，均不需單位或派出所蓋章
1、國家公務員和參照、依照國家公務員制度管理的人員，及部、省屬單位的副廳（局）以上離（退）休人員。
2、部、省事業單位處級以上的幹部。
3、新世紀科技人才培養工程的培養人選和享受政府特殊津貼的科技人員，以及部、省屬單位具有副高級職稱以上的科技教育人員。
4、銀行、證券、信托、保險等金融機構中層以上幹部及重要崗位的人員。
5、承擔、參與涉及國家政治、經濟、科技、商業、安全等秘密單位的重要崗位人員，以及離開涉密崗位仍在脫密期內的人員。
6、市屬國有企業的領導幹部，省屬國有企業的中層以上領導幹部，國有控股企業的董事長、總經理，參股企業的國有產權代表。
7、其他有必要列入報備管理的人員。
其他地區辦理仍需要單位和派出所蓋章。單位意見欄按要求由負責人簽署意見，註明“同意自費旅遊”字樣，要求在本人檔案所在單位蓋公章和戶口所在地派出所蓋章。