西歷2220年。人類面對前所未有的危機。新發現的小瀑布黑洞距離太陽系越來越近，至地球完全被吞噬還有3個月。人類不得已開始實施行星移民計劃，意想不到的是乘坐著6億人的第1，第2移民船隊再向阿馬爾星球前進的路上先後被不明艦隊襲擊，並且相繼音訊全無。第壹移民這其中包括作為船隊負責人的古代雪。古代進的貨運飛船小雪號意外的搭救了第壹移民船隊旗艦的戰術長上條了，並順帶擊毀了三艘外星飛船。
危機之時，宇宙科學局總部長真田任命古代雪的丈夫古代進為第3移民船的總司令，同時任命他為重新制造的宇宙戰艦大和號的艦長，同時大和號上補充了大村副長、上條了戰術長、小林淳航海長、折原真楓船務長等壹大批年輕有為的新人。古代進深信妻子還活著，為了救出被困的人類，古代登上了大和號。大和號在第1、2移民船隊遭伏擊的地區再次遭伏擊，但大和號率部英勇作戰，這種精神使的敵方指揮官埃托斯星球的高爾伊提督為之欽佩，主動放棄了進攻，並捏在通話中，古代進得知是壹個受SUS星球控制太空聯盟伏擊了他們。到達阿馬爾星球後，星球女王將聯盟的情況告訴了古代進，原來這壹星系混戰不堪，SUS擊敗了所有人並建立了聯盟，聯盟名義上是平等的，實際上受SUS控制，是SUS想阻止地球移民計劃，阿馬爾星球也是聯盟壹員。
阿馬爾的帕斯卡爾將軍要求古代進立即撤走，以免給阿馬爾帶來災難，但是聯盟飛船已經開始轟炸阿馬爾了。阿馬爾擋不住聯盟的進攻，損失慘重，而此時趕到的高爾伊提督卻進攻阿馬爾，並率部進攻SUS艦隊，在戰鬥中高爾伊提督陣亡。古代進決定出手，大和號率艦隊與聯盟艦隊激戰，阿馬爾艦隊加入了大和號編隊，在SUS用超高音速中子粒子束轟擊大和號時，帕斯卡爾將軍以犧牲自己保護了大和號，而大村副長也用自己的犧牲換來了敵人要塞保護罩的毀滅，大和號借此機會用六聯裝波動炮擊毀了要塞。但是要塞的核心是壹艘宇宙潛艇，他仍然對大和號進行打擊，古代進急中生智，下令用波動炮擊毀了SUS的太陽——壹個人造能量源，SUS徹底毀滅了。但SUS指揮官卻幻化出了原形——異次元的高級生命體。在地球上，大和號在完成任務後，準備撤離，但是這是異次元生命體又出現了，並告訴古代黑洞是個人造物體，故意用來吞噬地球，大和號在最後壹刻用六發波動彈合壹發射，擊毀了這個黑洞，再次保護了地球，但大和號也受到了巨大的破壞。故事到此就結束了。