門巴人大約在300多年前，從門隅、主隅開始遷入墨脫，最早到達的已有12代人，最晚的移民也有8代人了。
約在十九世紀後半葉，門巴族和珞巴族之間因爭土地和獵場發生糾紛，進行械鬥。當時分割壹方的波密土王，利用門巴族和珞巴族相爭這壹時機，先後在墨脫地區建立了地東宗和嘎朗央宗，勢力擴及到下珞瑜地區，進而統治了墨脫及大峽谷地區。
二十世紀二、三十年代，西藏地方政府再次派兵征討，大敗波密土王，徹底消滅了波密土王的勢力，墨脫直接歸西藏政府統轄。後來西藏地方政府將地東宗贈給在消滅波密土王期間立了功的色拉寺管理；將邦辛、加拉薩地區劃歸傾多寺的封地，金珠地區劃為松果寺的封地。
約在清光緒辛巳年（1881年），噶朗王（波密土王）旺秋繞頓為將統治勢力伸入白瑪崗，在地東建立了地東宗，首任宗本是門巴族的諾諾拉。
19世紀改地東宗，後遷宗址到墨脫村，易名為墨脫宗（1881年波密王在墨脫設宗）。
民國八年（1919年），因地東缺水，將宗政府遷至墨脫，並改地東宗為墨脫宗。
民國十六年（1927年）至民國二十年（1931年）噶廈政府與波密王之間爆發戰爭，波密王戰敗。噶廈政府將墨脫分封給色拉寺、傾多寺和松宗寺，三寺各自建宗，壹直延續到西藏和平解放。
1950年8月15日，墨脫縣發生裏氏8.5級地震。地震引發山體崩塌、滑坡和泥石流，墨脫大地面目全非，在數萬平方公裏的地面上，中印兩國***死亡約4000人。
1959年7月建墨脫縣。
1964年劃歸拉薩市管轄。
1986年2月劃歸林芝地區管轄。
2015年3月，撤銷林芝地區，設立地級林芝市。墨脫縣屬林芝市轄縣至今。
地名由來
墨脫，在藏傳佛教經典中稱“博隅白瑪崗”，意為“隱藏著的蓮花”，相傳九世紀時蓮花生大師受吐蕃贊普赤松德贊之請遍訪仙山聖地，到了這裏後，發現這裏的地形像壹朵盛開的蓮花，有聖地之象，遂在此修行宏法，並取名“白瑪崗”。