日本民族的起源可以從兩個方面來考察:物理結構和日語的起源。日本民族是日本文明的主體和創造者。但這裏所說的“民族”不同於人類學中“種族”的概念，也不同於民族學中“民族”的狹義概念，而是指壹個更為寬泛的概念。因此，本書中提到的“日本民族”也包括日本的阿伊努人。
至於日本民族的起源，或者說日本人的起源，學術界至今仍有爭議。從物理結構上看，各種意見大致可以分為三類:(1)“族群更替論”，認為日本列島發生過壹次甚至兩次族群更替。比如19的80年代，切割學家小井義紀認為，繩紋時代生活在日本列島的原住民是愛奴津人，繩紋時代後被大陸其他人種驅趕到北方。(2)“混血論”認為“原日本人”(舊石器時代的日本人)與繩紋時代以後從大陸或南洋群島遷移過來的其他民族混合，逐漸形成了現代日本人。醫學家清野賢治最早提出“混血說”，直到20世紀30年代仍是學術界的主流。(3)“進化論”(或稱“連續論”)認為，繩紋時代的日本人由於生活方式的變化，逐漸演變為彌生時代的人、古墳時代的人乃至現代日本人。它更註重種族的傳承，既不認同“種族更替”論，也不太重視混血對日本民族構成的影響。二戰後，長谷部任艷和東京大學人類學研究室的鈴木教授持此觀點，至今仍對學術界有影響。
從不同時代日本人的身體結構來看，他們無疑屬於蒙古人種。考古學證明，日本列島在65438+萬年前，甚至20萬年前(即舊石器時代早期或中期)就有人類居住。但由於沒有發現這壹時期的人骨化石，無法了解其物理特征。目前在日本列島發現的最早的人骨化石是1957年在豐橋市牛川町發現的“牛川人”。它生活在舊石器時代，具有“詹人”(尼安德特人)的特征。除了牛川人，日本發現的舊石器時代人骨，如三日人、邦北人、岡川人、勝越人，都生活在3萬年前以下，已經進入“新人類”階段。他們的身體特征是身材矮小。比如在沖繩發現的“岡川人”，距今約18000年，男性身高約155cm，女性身高約144cm。與舊石器時代晚期在中國大陸發現的人骨化石相比，他們更類似於在中國廣西發現的矮小的柳江人，而不是中國北方高大的山頂洞人。可以認為，在海平面較低、大陸橋出現的冰河時期，“古蒙古人”(廣泛分布於東南亞)的壹部分從中國大陸南部遷徙到沖繩和西日本，形成了上述的“原日本人”。他們是繩糧時代日本人的母親。
從1萬年前到公元前3世紀，是日本繩紋時代。隨著冰河期過去，海平面上升，日本列島與大陸隔絕。壹般認為，繩紋時代人與大陸的接觸很少。目前已經找到了幾具有繩紋的人的遺體。從其身體結構來看，雖然繩紋人也因時代和環境的不同而有身體上的差異，但大多保留了“古代蒙古人”的典型標誌，如身材矮小、臉型短小、鼻子扁平等，與現代日本人有明顯區別。但從繩紋時代後期開始，亞洲大陸的移民進入日本。彌生時代，大陸移民劇增。1953年，九州大學教授直世直史(1)在本州西北端的山口縣土京浜發現了200多具保存完好的彌生遺骨。其身體結構與紋繩人明顯不同，特點是身材高大(平均約162-163 cm)，長臉，更接近現代日本人。根據許多學者的研究，彌生時期的大陸移民來自朝鮮半島和中國東北。蒙古東西伯利亞等東北亞地區屬於“新蒙古”體系。它首先生活在本州和北九州的西端，然後逐漸向東傳播，並通過馮靜恩地區傳播到關東地區。在擴散的過程中，他們不斷與原住居民(紋繩人的後代)混雜在壹起。但學者們對大陸移民數量和混血對日本民族影響的評價卻大相徑庭。持“進化論”的學者認為，這些來自東北亞的大陸移民由於後續缺乏，在混血過程中逐漸被原住居民吸收，影響並不大。持“混血論”的學者(2)用當代人口整合法和擬態模型法計算，在近千年的移民過程中(公元前3世紀至公元7世紀)，大陸新移民的數量可達數十萬甚至數百萬，應占部分地區人口的40%至90%。他們認為混血的影響力遠遠超出普通人的想象。自然人類學家Kazuhara持有這種觀點。誠然，他們也承認地域差異，認為大部分來自東北亞的新移民在彌生時期居住在北九州。其中壹部分已經擴散到馮靜恩和關東地區，而東北、北海道、九州西北、離島等偏遠地區則較少或幾乎不受移民混血的影響，居民仍以繩條人後裔為主，因此居住在北海道的阿伊努人被認為是不受混血影響的繩條人的直系後裔。從而在彌生時代形成了日本人的二元結構，即移民系彌生(主要分布在日本西部)和繩系彌生(主要分布在日本東部)。而且，對指紋、耳垢和牙冠類型的調查，以及近年來出現的對血液和病毒遺傳因素的調查，似乎也支持這種“雙重結構”理論。當然，在彌生時代，也可能有來自中國南方的移民直接或通過南島地區進入日本。然而，日本學者的相關研究仍不多見。
在彌生時代之後的古墳時代(3世紀至6世紀)，大陸移民繼續進入口述書，並繼續向東日本各地擴散，與原住居民的混血也在繼續。然而，日本的“二元結構”依然存在。直到現代還是這樣。只是繩紋系統的影響力日漸萎縮而已。因此，從體質結構來看，日本民族絕不是單壹民族，而是在漫長的歷史中由來自東南亞和東北亞的人口群體形成的“混合民族”。