征用水庫實行有償征用和等效替代相結合的原則。任何單位和個人不得無償征用水庫。
因建設需要征用全部或部分水利工程及其設施，應當采取相應的補救措施：能夠修建替代水庫並保證水庫原有效益或需要異地還建恢復原功能的，征用者應負責修建與原水庫效益相當的替代水庫或者按水庫重置價格交納補償費;不能修建替代水庫，或不需要異地還建的，征用者應按照恢復水庫的重置價格交納補償費;水庫重置價格補償費中土地補償費應按照該市制定的征地補償安置實施細則執行。征地補償標準調整的，按調整後的標準執行。
征用水庫具體補償數額，由被征用水庫的管理單位測算提出補償方案，經丙級以上水利水電勘測設計單位評定，由區農委審定。
征用水庫的單位和個人自行負責修建替代水庫的，應當在開發建設項目動工的同時，開工建設替代水庫。替代水庫經水行政主管部門驗收合格後，開發建設項目才能進行竣工驗收並投入使用。
征用水庫的補償費應使用市財政局統壹監制的非經營性結算統壹收據。
法律依據：《大中型水利水電工程建設征地補償和移民安置條例》
第二十二條規定，大中型水利水電工程建設征收耕地的，土地補償費和安置補助費之和為該耕地被征收前三年平均年產值的16倍。土地補償費和安置補助費不能使需要安置的移民保持原有生活水平、需要提高標準的，由項目法人或者項目主管部門報項目審批或者核準部門批準。