烏茲別克斯坦和吉爾吉斯很有淵源。兩國同屬中亞。而且他們都加入了蘇聯的***和國。
在早期蘇聯憲法中，蘇維埃聯邦的加盟***和國可以獨立行使國家權力。但是，由於各個***和國的主權地位實際上沒有實現，所以他們實際上是蘇聯的兩個行政區。由於當時蘇聯的計劃經濟的影響，他們之間頻繁有人來往。
1924年，壹件重大的事情影響了他們的關系。也就是說要劃分境界。在劃分境界之前，他們的區別主要在於生活方式。烏茲別克斯坦人主要定居在費加納盆地和其他綠洲，吉爾吉斯人在山區遊牧。他們對自己部族的認識更多，民族觀念淡薄。隨著邊界的劃分，雙方的民族意識開始增強。同時，邊界劃分帶來了邊界紛爭和?飛地?的產生。
理由是當時並沒有劃分邊界進行細致的準備。因此，雙方的邊界和傳統居住區不壹致，留下了有爭議的地區。在蘇聯時代，他們只不過是兩個行政區，所以爭論的國境問題不大。因為蘇聯是以中亞為整體設計的，所以很多基礎建設都不考慮邊界問題。例如，吉爾吉斯坦的列車經過烏茲別克斯坦。當然，那時彼此的關系很緊密。比如每天坐公交車把吉爾吉斯人送到烏茲別克斯坦的工廠上班。
但是，這是因為今後雙方的邊界問題而埋下的伏筆。兩國獨立後，1991年至1999年，雙方關系順利發展。直到1998年底，兩國大部分民眾都不認為對方國家是?外國?。吉爾吉斯斯坦拖欠了烏茲別克斯坦的天然氣費，烏茲別克斯坦為了保護自己的經濟而關閉了邊境。三天後，塔什肯特發生爆炸，造成16人死亡。烏茲別克斯坦在邊境配置了武裝人員，設置了國境哨。1999年8月，雙方發生沖突，最終導致邊界雙方的人交流越來越少，中亞開始碎片化。
從2000年到2010年，兩國克服了邊界危機，對兩國關系產生了沖擊，但兩國整體距離越來越遠。國境問題、水資源問題、跨越國境的民族問題以及兩國不同的發展模式，加上美俄在中亞地區的遊戲，兩國關系也越來越緊張。
從2010年到現在。在吉南部發生的吉烏兩族的沖突加劇了吉國內的民族對立，刺激了吉烏兩國各自國內的民族主義感情。