小溪，乃甌江最大支流，與甌江幹流大溪匯合於青田縣石溪村境。小溪源頭主流稱南陽溪，發源於慶元縣大毛峰山麓，在鳳灘垟與來自右岸的左溪匯合後，北流進入景寧境內，稱毛垟溪；納西溪水後繼續北流，英川源從左岸匯入，折東南流，標溪自右岸註入，後折北流至梧桐，梧桐坑自左岸註入，始稱小溪；折北流，納北坑水，折東南流納際頭、葉源來水，折北，有鶴溪自右岸註入，納鶴溪後，折東北流，沿途納梅溪、大山源諸水，折東流，爐西坑自右岸註入，折北流，大、小順溪自左岸註入，後自東折南，納小吾坑，折西北流，阜口源自右岸註入，折北流，左岸張口坑註入，折東納仁村源、大奕坑，折東北流至湖邊村匯入大溪。小溪幹流全長215.9公裏，流域面積3405平方公裏，河寬150～190米，河道天然落差1282米，平均坡降5.9‰，年平均徑流量39.8億立方米，年際豐枯變幅較大，具有山溪性河流的特性。
松陰溪，古時稱松川，又有松溪、松陽溪、松陽港之稱。發源於遂昌縣貴義嶺黃峰洞山麓，在麗水市大港頭匯入龍泉溪。松陰溪源頭主流為十四都源，亦稱成屏源，上通源。出源頭北流，納金嶴水、安坑，過成屏源口至遂昌縣妙高鎮河段稱南溪；流經葉坦橋，北溪自左岸註入後，稱襟溪，繼續北流至渡船頭，折東南至莊山，濂溪自左岸匯入；襟溪納濂溪後，過資口入松陽，始稱松陰溪，河水直向東南，十二都源自右岸匯入，折東流梧桐源自左岸匯入，折東南流至古市，十三都源自右岸註入，繼續東南流納東關源、莊門源、六都源、東塢源後，東流經寺嶺下，竹源溪自右岸註入，四都源從左岸匯入，折東南流，沿途納黃坑源、關溪、黃源諸水至港口，小港自右岸註入，後由東南折東，逶迤穿行在低山丘陵地帶，至雅口，雅溪從左岸註入後，東流納南坑源、石馬源、靖居源後，折東南流，納木岱坑、裕溪、鳳弄源後，進入麗水市境內，穿過通濟堰大壩，直奔大港頭。松陰溪幹流長109.4公裏，流域面積1995平方公裏，河道寬120～160米，河道天然落差854米，平均坡降7.8‰，年平均徑流量20.3億立方米。其主要支流小港，在甌江二級支流中，僅次於楠溪江的小源溪，主流長63公裏，流域面積500平方公裏。
好溪，唐代以前稱惡溪。因其灘多水急，舟楫常遭覆沒而言“惡”，李白曾感嘆“卻尋惡溪去，寧懼惡溪惡。咆哮七十灘，水石相噴薄”。自唐大中年間，疏浚河道、修堰興利，易名好溪。好溪發源於磐安縣大盤山仰曹尖，上遊名九曲溪，南流納橫坑、冬坑水、孔宅坑水、泊公源水，流至仁川並納楊坑、小溪、東坑諸水，折西流至冷水；經冷水後，繼續西流，納龍溪、靈溪、玉坑後至泮潭進入縉雲縣，始稱好溪；納白竹溪後折南流，唐溪自左岸匯入，過左庫水庫後，折西轉南至壺鎮，納白六溪、浣溪，折西南流，右岸子草坑註入，經東金岱石溪匯入，過東方鎮後，直奔著名景區仙都；過仙都後，經五雲至東渡，章溪自左岸註入；納章溪後，繼續南流，納長坑，由南折西進入蓮都區，納廷坑、杉樹坑，至彭頭，方溪自左岸註入，過秋塘，折西南流，於古城村匯入大溪。主流河長129公裏，流域面積1380平方公裏，河寬90～150米，平均年徑流量12.2億立方米，河道天然落差847米，平均坡降6.4‰。
宣平溪，又稱宣平港，民國《浙江通誌稿》稱畎溪，流經武義縣、松陽、麗水市蓮都區。宣平溪源出武義縣頂頭崗，源頭主流為東溪。出源頭南流，左納洪坦、雲華來水，右納松溪後，南流至柳城鎮，西溪自右岸匯入後稱宣平溪；繼續南流，竹客溪自右岸匯入，折東流至溪口左納和尚壇來水，仍折南流，曳坑水自左岸註入，吾坑水自右岸註入，折東南流至蓮都區麗新鄉，納老竹水後折東流，匯入大溪。宣平溪幹流長72.8公裏，流域面積860平方公裏，河寬50～100米，河道天然落差990米，平均坡降13.6‰，平均年徑流量8.2億立方米。歷史上宣平溪流域曾經設置宣平縣，是浙江省內僅次於景寧畬族自治縣的第二大畬族聚居區。
小安溪，又稱太平港，民國《浙江通誌稿》稱安溪。發源於武義縣新宅雪峰山，流經武義縣、蓮都區。小安溪源頭主流稱菊溪又名李村水，南流至新宅烏門，大萊溪自右岸註入；納大萊溪後折東流至沿溪口，沿溪自左岸註入，至溪下，金巖溪自右岸註入；納金巖溪後東南流進入蓮都區始稱小安溪，折南流，納西溪水、葛渡水後，南流至小安村，祥後水自右岸匯入後，繼續南流，沿途納小溪口、馮坑源及聯城諸水後，經蘇埠匯入大溪。小安溪幹流長72公裏，流域面積575平方公裏，河寬30～50米，河道天然落差902米，平均坡降12.5‰，平均年徑流量6.3億立方米。
楠溪江，發源於永嘉、仙居交接的黃裏坑。在括蒼、雁蕩山脈間，千回萬轉，自北而南，流經永嘉中心腹地，直註甌江，是甌江第二大支流，幹流總長140公裏，流域面積約2490平方公裏，河道天然落差1030米，平均坡降7.4‰，上、中遊平均河寬50米，下遊平均河寬達375米，平均年徑流量28.5億立方米。楠溪江的主要支流有巖坦溪、張溪、鶴盛溪、小楠溪、花坦溪、五尺溪和陡門溪等。
西溪，是甌江下遊壹級支流，發源於永嘉縣下嵊鄉外宕村西北，由西北向東南，流經荊源、甌渠、六龍、徐嶴、橋下五鄉鎮，在垟塆村附近入甌江。源頭海拔1041米，形成地表水流海拔970米，主流長32.5公裏，平均比降29.90‰，流域166.05平方公裏。上遊源短流急，谷深灘險。下遊從西岸村至河口是感潮河段，長5.9公裏，可通小輪船至溫州。沿溪多臺田谷地，下遊為沖積平原，是縣內主要產糧區。支流5條，以甌渠溪和徐嶴溪為大。
甌渠溪，發源於永嘉縣茗嶴鄉石馬尖西側，由北向南縱貫甌渠鄉，在六龍鄉上湖村附近入西溪。源頭海拔893.5米，形成地表水流海拔230米，主流長11.7公裏，平均比降57.30‰，流域24.43平方公裏。兩岸多梯田梯地，臺田谷地很少。
徐嶴溪，發源於永嘉縣昆陽鄉白巖頭，由東北向西南縱貫徐嶴鄉，在殿後村附近入西溪。源頭海拔1027.8米，形成地表水流海拔920米，主流長9.70公裏，平均比降94.00‰，流域50.12平方公裏。沿溪兩岸有小量臺田谷地。
菇溪，是甌江下遊壹級支流，發源於青田縣峰山村東側，由西北向東南，流經青田縣吳坑鄉後進入永嘉縣境，再經白雲、橋頭、朱塗3鄉鎮，在朱塗鄉朱塗村附近入甌江。源頭海拔930米，形成地表水流海拔880米，主流長35.15公裏，平均比降25.10‰，流域153.29平方公裏（包括境外面積）。橋頭鎮至源頭，溪流較順直，沿岸有臺田也有小片沙礫灘；橋頭鎮至河口，為感潮河段，長4.9公裏，可通小輪船到溫州。沿溪兩岸為沖積平原。支流有平頭山、潘羅、長田和小舟山等溪。
烏牛溪，是甌江下遊壹級支流，為永嘉、樂清兩縣界河。發源於永嘉縣仁溪鄉烏巖村東北面，由北向南，流經仁溪和烏牛二鄉，在烏牛碼道村附近入甌江。源頭海拔665.0米，形成地表水流海拔550米，主流長21.1公裏，平均比降26.16‰，流域87.63平方公裏（包括境外面積）。上遊是山地丘陵，源短流急，河谷深削，多峽谷險灘；白水際電站至源頭，平均比降97.58‰；下遊是沖積平原，地勢平緩。支流14條，總長46.8公裏。西岸馬嶴溪發源於大嶂山、東流至橫嶼村附近入烏牛溪、主流長7.5公裏。東岸運河與樂清縣白象水網區相通，對徑流調節作用較大。 甌江其他壹級支流，流域面積在200平方公裏以上的還有：
八都溪，位於龍泉縣西部，河長44公裏，平均坡降19.8‰，流域面積396平方公裏，從左岸匯入龍泉溪。
均溪，位於龍泉縣南部，河長27公裏，平均坡降51.5‰，流域面積207平方公裏，從右岸匯入龍泉溪。
巖樟溪，位於龍泉縣北部，河長28公裏，平均坡降26.8‰，流域面積229平方公裏。
浮雲溪，又稱霧溪、雲和溪，位於雲和縣中部，河長28公裏，平均坡降39.7‰，流域面積338平方公裏，從右岸匯入龍泉溪。該河上遊建有霧溪水庫。
禎埠溪，位於青田縣西部，河長35公裏，平均坡降22.1‰，流域面積225平方公裏，從右岸匯入大溪。
船寮溪，位於青田縣北部，河長41公裏，平均坡降19.5‰，流域面積358平方公裏，從左岸匯入大溪。
四都港，位於青田縣東南部，河長45公裏，平均坡降18.3‰，流域面積301平方公裏，從右岸匯入甌江。
戍浦江，又稱戍浦溪、藤橋江，位於甌海縣西部，河長44公裏，平均坡降22.8‰，流域面積247平方公裏，從右岸匯入甌江。 溫瑞塘河，溫瑞塘河北起溫州，南至瑞安市城區，是溝通甌江、飛雲江兩大水系的主要內河，溫州市及甌海縣境內由瞿溪、雄溪等河匯集而成，劃為甌江流域部分為353平方公裏。
永強塘河，由鄭嶴、白水、雙嶴、瑤溪、皇嶴等溪河匯集而成，河道總長238公裏，流域面積146平方公裏。
柳市塘河，又名白石水系，主要有柳市河、白象河。兩河主源為白石溪，發源於郭公山黃坦洞，流經中雁蕩山白水漈，註入鐘前、白石兩座水庫，下泄至合湖納東漈來水，出合湖後分為柳市河和白象河，進入平原河網，流域面積245平方公裏。