有臺灣旅行社或本人至移民署服務站臨櫃申請補發。如於機場或港口出境時，未出境時發現入臺證遺失，當事人可至移民署國境事務大隊申請補發。
特別要註意的是，在臺灣期間壹定要保管好大陸居民往來臺灣通行證、入臺證等證件，如果丟失後補辦手續很麻煩。
擴展資料：
2010年9月起，港澳居民進行網上申請手續後，只要自行打印入境通知單即可，不需要付款及預先再到機場或相關單位領取入臺證，此舉幾乎等同於免簽證待遇。
然而，如非合資格的港澳居民或申請其他種類的入臺證，仍然需要親身到臺北經濟文化辦事處（香港）/臺北經濟文化辦事處（澳門）辦理申請手續。現時經網上辦理入臺證的港澳居民，入臺證有效期為三個月，可以停留最多十五天，但只可以出入境壹次，之後要再重新在網上申請。
而大陸居民赴臺旅行則由旅行社代辦，壹般為持大陸居民往來臺灣通行證離開大陸後在臺灣邊檢窗口領取證件，並配合大陸簽發的通行證壹並查驗。
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