考慮到中國的快速變化以及政府在經濟增長和社會發展中的核心地位，機構改革如此頻繁是可以理解的。這樣，如何優化機構改革的路徑和方式，提高機構改革的效果就顯得非常重要。從十三屆全國人大壹次會議通過的國務院機構改革方案來看，既有與歷次改革相同的方面，也凸顯了值得關註的差異。
首先，
機構改革是部門數量的加減，但高於加減。
。過去的機構改革只是簡單的加減，合並或者裁撤壹些部門，但是部門內部很少調整。尤其是2008年和2013年的兩輪大部制改革，目的都是精簡國務院直屬機構數量，但並沒有真正實現政府職能的相應轉變。這使得改革後的部門架構依然鐵板壹塊，機構內部微觀結構沒有發生質的變化，職能轉變也只是雷聲大雨點小。
這次改革的壹大亮點是加法和減法並重，而不是完全做“大部制”的減法。雖然國務院組成部門和其他機構數量大幅減少，但除國務院辦公廳外，國務院組成部門共26個，減少正部級機構8個，減少副部級機構7個；但新機構更令人振奮，尤其是中國國際發展合作署、應急管理部、退伍軍人事務部、國家移民管理局的成立，符合大國崛起和國內治理改善的需要。這些新機構的建立和凸顯，為相關領域的政府職能轉變提供了基礎，也使政府職能的對接和落實更加順暢。
其次，
這次政府機構改革特別顯著的特點是，註重細分職能的重組和交叉，而不是機構的完全撤並。
。從之前的改革來看，這次改革的力度不小。在自然資源部、應急管理部、科技部、農業農村部、國家市場監督管理總局等的組建和重組方面。，這次改革打破了部委和國家行政機關合並的慣例，而是從司局級職能交叉重組入手，為政府職能的深入整合提供了條件。
黨的十九屆三中全會通過的《中央關於深化黨和國家機構改革的決定》指出:“原則上壹個部門統籌，壹個部門負責壹件事。”這意味著改革不是簡單的機構合並，而是職能層面的深度重組；意味著過去的物理反應要讓位於化學反應，即通過組織再造實現政府機構的質變。
再說壹遍，
中央政府部門改革後，省以下地方政府部門的設置將成為日益突出的問題。
。過去政府機構改革是自上而下推進的，“壹竿子插到底”的導向作用很強，但也很難因地制宜。這次改革在強調集中統壹領導的同時，也明確賦予省級及下級機構更多自主權，從而為增強地方活力提供制度空間。
值得註意的是，隨著基本公共服務領域中央和地方財政事權和支出責任劃分的改革，各級政府將承擔相對不同的責任，從而發揮各自的優勢。為此，各級政府自然要根據需要設立不同的機構。市場監管、稅收和應急管理方面的機構改革滿足了地方政府的需求，在壹定程度上肯定了地方政府機構改革的試點成果。但在其他方面，可能會有所不同，壹定程度上會延續“上下不平”的傳統做法。
值得註意的是，
這次國務院機構改革只完成了壹半，因為如何處理政府機構和黨的機構的關系才是值得期待的關鍵問題。
從十九屆三中全會的文件精神來看，加強黨對政府機構的全面領導可以通過多種方式進行，包括黨的議事協調機構、黨的職能部門集中協調、黨政合署辦公等。壹方面是通過建立黨的議事協調機構來協調對口政府部門，如中央財經領導小組來協調對口政府經濟部門。另壹方面，壹些職能重疊的黨政部門可能會合並。比如，國家新聞出版廣電總局的廣播電視管理職責由新成立的國家廣電總局接手，新聞出版職責歸屬是壹個沒有解決的問題。壹種可能性是，黨的宣傳部門將吸收新聞出版的職責。另外，過去黨的機構與政府部門步調壹致的情況還會存在壹段時間。
值得註意的是，有必要跟蹤和評估政府機構改革的實施情況，以避免整合不充分的問題。2010年，廣東省在全省範圍內選擇21個縣(市、區)推廣順德大部門制改革模式。筆者的研究表明，大部制雖然在壹定程度上提高了民眾對政府的滿意度，但總體上收效甚微。因此，僅僅減少部門數量可能無助於提高政府績效，更重要的是從職能整合的角度入手進行改革。筆者最近與奧斯陸大學政治學教授湯姆·克裏斯滕森合作進行的壹項研究表明，2013年國務院機構改革期間，國務院部分部門在合並後相互割裂，在結構、職能、文化等方面的內部整合程度不夠，導致“兩張皮”問題仍時有發生。
因此，必須加強機構改革後的評估，使機構改革的實施與校長預期的方向保持壹致，並根據實施情況進行調整。但此次改革方案中對職能重組和深度整合的強調，使得“外表貼近精神”的整合難度加大，“同舟共濟”是值得期待的改革趨勢。