清朝雖然征服了臺灣，但是滿清憑騎兵入關，既不善水戰，更不了解海防。鄭克（土爽）請降之後，大臣紛紛主張棄守。唯有曾經親自勘查臺灣南北的施瑯，深知臺灣的重要，向康熙力爭“斷斷乎其不可棄”。八個月後，終於定案。1684年（康熙23年）臺灣設臺灣府，隸屬福建省，下設臺灣、鳳山、諸羅三縣。臺灣正式納入中國版圖。
當時清朝對移民限制甚嚴：
壹、欲渡船臺灣者，先給原籍地方照單，經分巡臺廈兵備道稽查，依臺灣海防同知驗審批準；潛渡者嚴處。
二、渡臺者不準攜帶家眷；業經渡臺者，亦不得招致。
三、粵地屢為海盜淵藪，以積習未脫，禁其民渡臺。
雖然渡臺有諸多限制，但是閩粵人口早已過剩，謀生困難。聽說臺灣地廣且肥，膽大的便走上了偷渡之路。盡管清朝政府三令五申，臺灣移民依然年年增加，從1683年到1780年（乾隆45年），百年之間渡臺禁令時松時緊，估計漢人增加了70~80萬人。到了1811年（嘉慶16年）漢人已經將近200萬人，另有高山族約10萬左右。今天很多臺灣居民的祖先，就是在這壹段時間移入臺灣的。
1840年（道光二十年）6月16日，180年前鄭成功登陸的鹿耳門外海，出現了壹艘英國雙桅軍艦。海防士兵立即向當時的臺灣兵備道（當時臺灣最高的軍事首長）姚瑩報告。這位大清朝著名的文學家立刻下令追捕封鎖，但英國軍艦似乎無心挑釁，巡弋壹陣之後掉頭而去。
三天後，48艘配備精良的英國戰艦，由南非開普頓（Capeton）開抵澳門。艦隊司令喬治義律（George Elliot），奉英國國會諭令，對中國用兵。理由是：兩廣總督林則徐，1839年6月在廣州虎門銷毀了英商約三萬箱鴉片，同時停止了英商在中國的貿易。英國國會在利益團體遊說之下，以271票對262票，9票之差，通過了這場被反對派議員稱為“將使英國人永遠蒙羞的戰爭”。
6月底，中英鴉片戰爭爆發；第二年，戰火波及臺灣。英國軍艦紐布達號（New Budda）進攻雞籠，炮火猛攻二沙灣，清軍還擊，英艦中彈逃離，觸礁擱淺。204名印度兵被俘。9月，英軍再次炮擊雞籠，又被擊退。隔年6月，英軍又來攻擊大安港，依然敗走。
1842年（道光20年）清朝被迫簽署中國歷史上第壹個不平等條約—南京條約。從此清朝惡夢連連，而臺灣也因此走上了曲折的路程。
在清朝外患不斷之際，康熙、幹隆、嘉慶三朝移民的後代子孫，在臺灣各地繼續默默開墾。1860年代，臺灣已經發展成以城鎮為主，具有宗族組織的農業社會；當時臺灣已經設置了3府、3廳、11縣，大多以漢人聚集的城鎮為主。1840年（道光20年）到1860年（鹹豐10年），臺灣在不受幹擾的情況下，慢慢完成了邁向農業社會的轉型，但是歷史的浪潮並沒有忽略了臺灣。
南京條約割讓香港之後，擁有豐富資源與戰略、貿易位置的臺灣，成了列強的下壹個目標。
1848年（道光28年），英國海軍提督親自前往臺灣勘查雞籠煤礦。
1853年（鹹豐3年），美國駐華公使力勸美國政府占據臺灣東部或南部。第壹任美國駐日公使哈裏斯，更多方搜集材料，撰寫了壹篇詳盡完整的報告，送交美國國務卿，強力主張必須占據臺灣。適逢美國南北戰爭，這件事就擱置下來。
1860年（鹹豐10年），第二次鴉片戰爭之後，清朝再簽下天津、北京條約。列強希望臺灣開港通商的願望終於實現。
由於歐美工業革命之後對於天然資源的大量需求，淡水、安平、打狗（高雄）開港之後，臺灣的茶、糖、樟腦，立刻成為貿易輸出的主要商品。但是錢財到了外國人跟富商手上，臺灣基層的人民並沒有因此而改善生活。
1875年（光緒元年），正當自強運動在大陸各地展開時，李鴻章、沈葆楨看中了雞籠的煤礦，決定在基隆老寮坑壹帶設立壹座西式官營煤廠。他們請了英國礦業工程師、買進最先進的設備，雇用優秀的礦工。包括英國駐淡水領事，各方面都對這座礦廠抱有極大期望，認為基隆即將成為遠東重要的煤炭供應基地。但是由於缺乏便利的交通，煤礦運輸到雞籠港的成本太高，因而功敗垂成。
1874年（同治13年），改寫中日關系的壹年。事件得回溯到3年前，1871年冬天，壹批琉球人因為傳只遇到暴風雨，漂流到臺灣東南的八瑤灣港（今天的臺東縣佳樂水北邊），上岸後誤闖“牡丹社”，其中54人被高山族殺害，12人獲救，由臺灣官府協助送回琉球。