西漢建元六年（前135）置堂瑯縣，屬犍為郡；武帝置三降縣，屬越嶲郡。
東漢置堂狼縣，屬犍為屬國都尉。
三國蜀漢為堂瑯縣，屬益州朱提郡。
西晉至南朝梁為寧州堂狼縣地。
北朝周屬南寧州。
隋開皇年間屬南寧州總管府；大業年間為東爨地。
唐初置唐興縣，唐南詔屬拓東節度轄地。
宋大理國為東川郡烏蒙悶畔部地。 元為東川路轄地。元憲宗年間置悶畔萬戶，至元十五年（1278）置東川軍民府，二十八年（1291）升東川路。至元十壹年（1274）置鄧州、川州、趙州、姚州。至元二十壹年（1284）置烏撒烏蒙軍民宣撫司，至元二十四年（1287）改置烏撒烏蒙宣慰司管軍萬戶府，東川路均屬之。至元二十八年（1291），以上鄧、川、趙姚4州省入東川路。大德四年（1300）置淄都縣、烏撒縣，後省。明為東川府轄地。洪武十五年（1382），東川路改置東川府，屬雲南布政司，洪武十七年（1384）改置東川軍民府，改屬四川布政司；洪武二十壹年（1388）廢，洪武二十六年（1393）復置東川軍民府，尋自府西南馬鞍山徙治萬額山南。 清初沿明制，為東川軍民府，屬四川省。雍正四年（1726）4月，四川省屬之東川軍民府劃歸雲南省，改置為東川府。雍正五年（1727）7月，於巧家汛地置會澤縣，屬東川府。雍正七年（1729）4月，徙會澤縣治於府城。雍正八年（1730）7月，東川府屬迤東道（治曲靖府）。嘉慶十六年（1811）3月，於原會澤縣舊址置巧家撫彜府同知（後改設巧家廳），屬東川府。民國2年（1913），巧家廳改為巧家縣，屬滇中道。民國18年（1929），裁道直屬省。民國31年（1942），屬第壹行政督察區（駐昭通縣）。 1950年，巧家縣屬昭通專區。1970年，昭通專區改為昭通地區，巧家縣屬昭通地區。2001年8月，昭通撤地設市，巧家縣屬昭通市。 1997年，巧家縣轄1個鎮、18個鄉：新華鎮、紅山鄉、東坪鄉、茂租鄉、大寨鄉、小河鄉、六合鄉、新店鄉、巧家營鄉、蕎麥地鄉、包谷堖鄉、老店鄉、鉛廠鄉、中寨鄉、崇溪鄉、金塘鄉、馬樹鄉、爐房鄉、蒙姑鄉。縣府駐新華鎮。 2001年，巧家縣轄1個鎮、18個鄉：新華鎮、大寨鄉、小河鄉、馬樹鄉、茂租鄉、東坪鄉、紅山鄉、六合鄉、新店鄉、巧家營鄉、蕎麥地鄉、包谷堖鄉、鉛廠鄉、老店鄉、中寨鄉、崇溪鄉、金塘鄉、爐房鄉、蒙姑鄉。 2002年，小河鄉、蕎麥地鄉撤鄉設鎮（省政府2002年8月20日批準）；馬樹鄉、大寨鄉撤鄉設鎮（省政府2002年9月8日批準）。
2002年末，巧家縣轄19個鄉鎮、180個村委會。 2003年，蕎麥地鎮更名為藥山鎮（省政府2003年3月20日批準）。 2006年，撤銷巧家營鄉和新華鎮，設立白鶴灘鎮，新設立的白鶴灘鎮管轄原巧家營鄉和新華鎮管轄的行政區域範圍，鎮政府駐原新華鎮政府駐地；撤銷鋁廠鄉和老店鄉，設立老店鎮，新設立的老店鎮。