夏亞·阿茲納布爾，吉翁的傳奇人物，在上壹次大戰消失之後消失了約莫5年。再次出現的他在甘泉建立根據地召集吉翁的殘黨再次建立起政權向腐朽的聯邦軍宣戰。這壹次他希望將地球上的人類滅絕，還地球以修養生息的機會，同時逼迫人類全體移民宇宙，完成父親吉翁·戴肯和自己讓舊人類向新人類進化的夙願。夏亞的宿敵阿姆羅所在的特殊部隊朗德貝爾在聯邦軍試圖盲目議和、采取保守戰略的背景下幾乎無法阻止夏亞的計劃。
夏亞的第壹波攻擊將資源衛星降下到地球，摧毀了地球聯邦軍的新首都，迫使聯邦軍發起進攻。但是夏亞的攻勢很快，他們占領了重要的小行星，上次大戰的戰場阿克西斯，企圖將帶有核彈的阿克西斯降下地球，引發地球全境核冬天。但是夏亞的大義名分沒有掩蓋他希望徹底打敗阿姆羅的執念，他將自己機體中象征新人類力量的關鍵技術，精神感應框架，透露給阿姆羅的機體制造者。阿姆羅這邊，地球聯邦軍沒有壹點軍人的姿態，聯邦軍幾乎來不及調兵遣將，幾乎只能依靠朗德貝爾隊進行反擊。朗德貝爾的司令，阿姆羅過去的長官布萊特從軍中同事手中得到了反擊用的核彈頭，計劃靠朗德貝爾全軍緊急出動應對夏亞的軍隊。
在阿克西斯的第壹戰，朗德貝爾的核彈攻勢被夏亞部下的新人類小隊識破並阻止。眼看夏亞軍隊即將擊退朗德貝爾，阿姆羅帶小隊深入敵陣，與夏亞短兵相接。混亂中，阿姆羅與僚機擊破了敵軍後方的壹艘母艦。夏亞軍隊數量占劣勢，背水壹戰，因此過於警惕，放松了攻勢，反被朗德貝爾擊退，首戰，朗德貝爾占領阿克西斯。發現行星降下幾乎無法避免，朗德貝爾決定用核彈將行星炸碎，降下的碎片靠大氣燃盡。
第二戰，沒有顧慮的夏亞軍幾乎完全壓制了朗德貝爾的殘兵。夏亞的新人類小隊火力強大，但因為士兵的心態不穩定，在與朗德貝爾的新人類小隊交戰中戰敗，夏亞與阿姆羅單挑。兩方本是勢均力敵，但最後的近身戰中，夏亞的機體暴露出近戰短板，被阿姆羅擊敗俘獲。核彈的爆破在夏亞部隊阻撓下沒有完全成功，爆炸後的阿克西斯分成兩段，壹段遠離大氣圈，另壹段以更快的速度降下。阿姆羅選擇螳臂擋車，企圖靠機體降低阿克西斯降下的速度，但是幾乎沒有作用。這個時刻，兩軍的士兵卻主動加入阿姆羅的行列希望推動阿克西斯減速。看著雙方的機體在高熱下摧毀，阿姆羅的強烈的意念讓精神感應框架爆發出不可思議的立場，將所有機體脫離送到大氣圈外安全地帶的同時用環繞地球圈的虹光將阿克西斯推理了大氣圈。夏亞看著這壹切閉上了眼睛。
夏亞和阿姆羅失蹤了。夏亞的部隊在聯邦軍的鎮壓下投降。但是夏亞的旗艦卻撤退不見了蹤影了。吉翁公國，吉翁主義，新人類漸漸地在時光的長河中被沖刷打散。<逆襲的夏亞，到此為止>
但是三年後，當初為阿姆羅和夏亞制造機體的同壹家公司，地球經濟體系背後的壟斷勢力，阿納海姆公司和畢斯特財團秘密制造了壹部名叫獨角獸的純白機體，帶出了壹串新的也是屬於這段歷史的最後的故事。故事裏有壹支叫“帶袖”的勢力，他們以夏亞當年的旗艦為標，機體裝飾有吉翁的徽章，其領袖駕駛著象征夏亞的紅色的機體，在地球圈掀起了新的風暴……<高達 獨角獸 Gundam UniCorn>